农业沟渠被私人占用并填埋种地是违法的。以下是从不同法律角度对此问题的详细分析：
一、违反《中华人民共和国土地管理法》
农用地保护：
- 农村的沟渠通常被视为农用地或未利用地的一部分，具有排水、灌溉等农业功能。根据《土地管理法》第三十七条，非农业建设必须节约使用土地，且不得擅自改变土地用途。私自填埋沟渠并用于种地，改变了土地的原有用途，即构成违法。
土地变更审批：
- 根据《土地管理法》第五十六条，任何单位或个人需改变土地使用用途，必须经过相关政府自然资源主管部门的批准。农村土地改变用途同样需要履行审批程序，未经批准私自填埋沟渠，属于违法行为。
二、违反《中华人民共和国水法》
水域保护：
- 农村的沟渠往往具有排水、泄洪、灌溉等水利功能，是水域的重要组成部分。《水法》第三十七条明确禁止在江河、湖泊、水库等水域内弃置、堆放阻碍行洪的物体，以及种植阻碍行洪的林木及高秆作物。私自填埋沟渠会破坏水利设施和水域环境，影响其功能，因此违法。
工程建设审批：
- 根据《水法》第三十八条，在河道管理范围内进行任何建设活动，包括填埋沟渠，都必须经过水行政主管部门的审查同意。未经审查私自填埋，属于违法行为。
三、违反《中华人民共和国防洪法》
- 行洪通道保护：
- 根据《防洪法》第二十二条，河道、湖泊管理范围内的土地利用必须符合行洪、输水的要求。私自填埋沟渠若阻碍了行洪通道，即违反了该法规定，可能面临法律责任。
四、可能面临的法律责任
行政责任：
- 根据相关法律法规，私自填埋沟渠的单位或个人将面临责令停止违法行为、排除阻碍、采取补救措施以及可能的罚款等行政责任。具体罚款数额可能根据违法行为的严重程度和当地法规的规定而有所不同。
刑事责任：
- 如果私人占用并破坏沟渠的行为情节严重，造成重大损失或影响，可能触犯刑法中的相关罪名，如破坏生产经营罪等，将面临刑事处罚。
民事责任：
- 私人填埋沟渠还可能对周边农户或集体造成经济损失。受损方有权要求侵权人承担民事赔偿责任，包括修复沟渠、赔偿因沟渠被填埋导致的农作物减产等损失。
五、建议与措施
- 立即停止违法行为：如果已经存在私自填埋沟渠的行为，应立即停止，并尽快采取补救措施，如恢复沟渠原状，以减轻可能的法律责任。
- 依法申请审批：如需进行土地填埋或其他相关活动，必须依法向相关部门提出申请并获得批准后方可实施。
- 咨询专业律师：在处理此类法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
综上所述，农业沟渠被私人占用并填埋种地是违法的，可能面临行政责任、刑事责任和民事责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。