电动三轮车闯红灯发生重大事故，其扣分情况主要取决于三轮车的车辆属性（非机动车或机动车）。以下是对此问题的详细分析：
若电动三轮车被认定为非机动车：
- 法规依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第八十九条，非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的，处警告或者五元以上五十元以下罚款。
- 处罚措施：在此情况下，电动三轮车闯红灯一般不会被扣分，但会面临警告或五元至五十元的罚款。若拒绝接受罚款处罚，交警有权扣留其非机动车。
- 重大事故影响：尽管非机动车闯红灯通常不扣分，但若因此引发重大事故，驾驶人可能面临更严重的法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
若电动三轮车被认定为机动车：
- 法规依据：依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条及《机动车驾驶证申领和使用规定》，机动车驾驶人违反道路交通信号灯通行的，一次记6分，并可并处二十元以上二百元以下罚款。
- 处罚措施：在此情况下，电动三轮车闯红灯不仅会被罚款，还会被记6分。若已上牌，则肯定会受到相应处罚；若未上牌，虽然可能因无法确定责任人难以进行直接处罚，但行为本身仍属违法，且可能因事故而面临更严重的法律后果。
- 重大事故影响：若机动车属性的电动三轮车闯红灯引发重大事故，驾驶人除了面临扣分和罚款外，还可能因构成交通肇事罪而承担刑事责任，同时需承担民事赔偿责任。
额外建议：
- 严格遵守交通规则：无论电动三轮车被认定为非机动车还是机动车，驾驶人都应严格遵守交通规则，不闯红灯、不逆向行驶、不超速驾驶，确保道路通行安全。
- 关注车辆属性认定：由于电动三轮车的车辆属性认定可能因地区而异，驾驶人在购买和使用电动三轮车时，应了解当地对电动三轮车的认定标准和管理规定。
- 及时办理上牌手续：对于已购买的电动三轮车，若符合上牌条件，应及时办理上牌手续，以便在发生事故时能够明确责任主体，减少不必要的法律纠纷。
总结：电动三轮车闯红灯发生重大事故的扣分情况取决于其车辆属性。无论何种情况，闯红灯都是严重的交通违法行为，不仅威胁道路交通安全，还可能对驾驶者自身造成严重后果。因此，建议所有驾驶电动三轮车的人员严格遵守交通规则，确保道路通行安全。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。