妨碍公务罪是否会有案底，这主要取决于案件的具体处理结果，案底不会被隐藏，而是根据法律程序和判决结果来确定的。以下是对此问题的详细分析：
一般情况下会有案底
定罪判刑：如果行为人的行为被认定构成妨碍公务罪，并且人民法院依法对其作出有罪判决，那么该判决会被记录在个人档案中，形成案底。案底，即犯罪记录，它会对个人未来的生活和工作产生诸多不利影响，比如在就业时，一些对求职者背景审查严格的单位可能会因为应聘者有犯罪记录而拒绝录用。
相对不起诉但构成犯罪：对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或免除刑罚的妨碍公务案件，人民检察院可能会作出相对不起诉决定。尽管行为人没有受到刑事处罚，但由于其行为已被认定为犯罪，因此依然会留下案底。
特殊情况下没有案底
法定不起诉（绝对不起诉）：如果行为人的行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者存在其他法定不追究刑事责任的情形（如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等），人民检察院会作出法定不起诉决定。此时，由于行为人的行为不被认定为犯罪，因此不会留下案底。
存疑不起诉（证据不足不起诉）：当案件经过补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件时，会作出存疑不起诉决定。由于没有足够的证据证明行为人构成犯罪，按照疑罪从无的原则，行为人不会被认定为有罪，因此也不会留下案底。
案底的影响与应对建议：
影响：案底的存在确实会对个人的未来产生深远影响，不仅限于就业方面，还可能影响个人的社会声誉、信用评价以及某些特定行业的从业资格。
建议：为了避免给自己带来不必要的麻烦和损失，我建议每位公民都应严格遵守法律法规，避免任何违法犯罪行为。如果不幸已经涉及法律纠纷，特别是妨碍公务这样的刑事案件，应及时向我这样的专业律师咨询，以获取准确的法律意见和帮助，从而更好地维护自己的合法权益。
综上所述，妨碍公务罪是否会留下案底，并非由个人意愿或某些非正规手段所能决定，而是严格依据法律程序和判决结果来确定的。因此，我建议大家务必遵守法律，远离犯罪。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。