关于“扣款以后协议只能退一部分”的问题，这通常涉及合同中的退款条款、违约责任以及实际履行情况等多个方面，以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同中的退款条款限制：

   • 许多合同中会明确约定退款的条件和比例。例如，某些服务合同可能规定，在服务开始后的一段时间内取消，只能退还部分费用，以补偿服务提供方已投入的成本和预期收益。
   • 如果您的协议中有此类条款，并且您已同意（通常通过签字或电子确认等方式），那么退款时只能按照协议中的规定执行，即只能退还一部分款项。

2. 违约责任与赔偿：

   • 如果扣款是因为一方违约（如未按时支付款项、未履行合同义务等），那么另一方可能根据合同中的违约责任条款要求赔偿。
   • 在这种情况下，退款金额可能会受到违约赔偿的影响，导致只能退还部分款项。例如，如果违约方需要支付违约金或赔偿损失，这部分金额可能会从应退款项中扣除。

3. 实际履行情况与成本投入：

   • 在某些情况下，即使合同没有明确规定退款比例，但根据实际履行情况和成本投入，也可能只能退还部分款项。
   • 例如，在服务合同中，如果服务提供方已经为履行合同投入了大量成本（如购买材料、雇佣人员等），并且这些成本无法完全回收或转嫁，那么退款时可能会考虑这些因素，从而只能退还部分款项。

4. 法律规定的限制：

   • 某些法律或法规可能对退款金额或条件有特定规定。例如，消费者保护法可能规定，在特定情况下消费者有权获得全额退款或部分退款。
   • 如果您的协议涉及此类法律规定，并且符合退款条件，那么退款金额可能会受到法律规定的限制或影响。

针对您的情况，我建议您：

• 仔细审查协议条款：首先，仔细阅读您与对方签订的协议，特别是关于退款、违约责任和成本投入等方面的条款，以了解退款的具体条件和比例。
• 与对方协商：如果协议中的条款不明确或您认为退款金额不合理，可以尝试与对方进行协商，寻求更合理的解决方案。
• 寻求法律帮助：如果协商无果，或者您认为对方的行为违反了法律规定或协议约定，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。

最后，需要强调的是，每个合同纠纷案件都有其独特的事实和法律背景，因此具体的退款金额和条件可能因案件而异。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。