大件物流超过三天收费是否合法，不能一概而论，这主要取决于物流公司与托运人之间的合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 物流服务通常基于托运人与物流公司之间签订的运输合同。合同中会明确约定运输时间、费用、违约责任等条款。
   • 如果合同中明确规定了运输时间，并且约定了超过约定时间物流公司可以收取额外费用，那么这种收费就是合法的，因为双方已经通过合同达成了合意。
   • 如果合同中没有明确规定运输时间或超过时间的收费标准，那么物流公司单方面要求收取额外费用可能构成违约或不当得利，托运人有权拒绝支付。

2. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于运输合同的规定，运输人应当按照约定的时间将货物运送到约定地点。如果运输人未按照约定时间运输，托运人有权要求运输人承担违约责任。
   • 但是，民法典并没有直接规定物流公司超过约定时间可以收取额外费用。这种收费是否合法，主要还是要看合同中的约定以及是否存在其他法律法规的特别规定。
   • 如果物流公司的收费行为违反了价格法、消费者权益保护法等相关法律法规的规定，如存在价格欺诈、强制消费等行为，那么这种收费就是不合法的。

3. 实际操作建议：

   • 托运人在选择物流公司时，应当仔细阅读运输合同，了解运输时间、费用、违约责任等条款，确保自己的权益得到保障。
   • 如果物流公司要求收取超过约定时间的额外费用，托运人可以要求物流公司出示合同依据或相关法律法规的规定。如果物流公司无法提供合理依据，托运人有权拒绝支付。
   • 如果托运人与物流公司之间就收费问题产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。

总结来说，大件物流超过三天收费是否合法，取决于合同中的约定以及相关法律法规的规定。托运人在选择物流服务时，应当仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务。如果遇到收费争议，可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。