转正后扣除绩效工资是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 劳动合同中的约定

   • 如果劳动合同中明确规定了转正后绩效工资的核算方式及可能出现的调整情况，并且员工在签订合同时已对此表示同意，那么公司按照合同约定扣除绩效工资通常是合法的。
   • 若劳动合同中无相关约定或约定不明确，公司单方面扣除绩效工资则可能构成违法。此时，员工有权要求公司按照原合同约定支付工资。

2. 双方协商一致

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以协商一致变更劳动合同内容，包括工资待遇等。因此，如果公司因转正等合理原因需要调整绩效工资，且经过与员工充分协商并达成一致，那么扣除绩效工资是合法的。
   • 未经员工同意的单方面决定则可能违法。员工有权拒绝不合理的工资调整，并维护自己的合法权益。

3. 绩效考核制度的合法性

   • 公司的绩效考核制度必须合法制定，且需经过民主程序（如职工代表大会）讨论通过，并向员工公示。如果考核制度本身不合法或未履行相应程序，那么依此进行的绩效扣减将视为违法。
   • 员工有权了解公司的绩效考核制度，并在制度不合法或未公示的情况下提出异议。

4. 扣除后的工资标准合规性

   • 扣除绩效工资后，员工的实际工资不得低于当地最低工资标准。这是法律对员工基本生活保障的底线要求。
   • 如果扣除后的工资低于最低工资标准，即使其他条件满足，扣除绩效工资也将被视为不合法。员工有权要求公司补足差额，并可能因此获得额外的赔偿。

法律建议：

• 对于员工而言：如果公司转正后扣除绩效工资，首先应查看劳动合同中的相关约定，并了解公司的绩效考核制度。如果认为公司的做法不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求说明扣绩效的具体依据和理由。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于公司而言：在调整员工绩效工资时，应确保与员工进行充分沟通并达成一致，同时确保绩效考核制度的合法性和公示性。此外，扣除绩效工资后应确保员工的实际工资不低于当地最低工资标准，以避免法律风险。

可能法律后果：

• 如果公司违法扣除绩效工资，员工有权要求公司补足差额，并可能因此获得额外的赔偿（如经济补偿金等）。
• 公司还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。

总之，转正后扣除绩效工资的合法性需根据具体情况综合判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。