当总机构下的一个分支机构在年度中间结束经营并注销税务登记时，对于该分支机构的企业所得税处理，可以依据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）的相关规定来进行。

首先，要明确的是，当年注销的分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，就不再就地分摊缴纳企业所得税。这意味着，从注销之日起，该分支机构不再承担企业所得税的缴纳责任，其应缴纳的企业所得税将由总机构或其他存续的分支机构来承担。

其次，总机构需要调整当年度后续属期申报的分支机构税款分摊比例。由于注销了一个分支机构，总机构在后续的企业所得税申报中，需要重新计算并调整各分支机构的税款分摊比例，以确保企业所得税的准确缴纳。这一调整是基于各分支机构的经营状况、利润水平等因素进行的，以确保税款的公平分配。

具体操作时，总机构应：

1. 及时了解注销分支机构的税务情况：包括注销日期、注销前是否已完成企业所得税的申报和缴纳等。
2. 调整税款分摊比例：根据剩余分支机构的经营状况和利润水平，重新计算并调整税款分摊比例。
3. 更新税务申报资料：在后续的企业所得税申报中，使用新的税款分摊比例进行申报。

此外，总机构还应与当地税务机关保持密切沟通，确保税务处理的合规性和准确性。如果对于具体的税务处理存在疑问或不确定的地方，建议及时咨询当地税务机关或专业税务顾问的意见。

最后，需要强调的是，以上处理方式和建议是基于当前的法律法规和相关规定得出的。由于税收政策和法规可能会随着时间的推移而发生变化，因此在实际操作中，总机构应密切关注最新的税收政策和法规动态，以确保税务处理的合规性和准确性。