机动车因违法被扣留时，保管费用通常由公安机关交通管理部门承担，车主或驾驶人无需支付。以下是详细分析：

1. 法律依据与费用承担原则
   根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条，公安机关交通管理部门对违法停放的机动车拖移至指定地点停放时，不得向当事人收取费用。这一规定明确了保管费用的承担主体为行政机关，而非车主或驾驶人。

2. 例外情形与注意事项

   • 超期未处理的情况：若车辆因违法被扣留后，车主或驾驶人未在法定期限内接受处理（如未缴纳罚款、未提供合法证明等），导致车辆被长期扣留，部分地区可能通过地方性法规规定超期保管费用。但此类费用需以明确的地方性法规为依据，且通常需通过法定程序告知车主。
     
   • 非违法扣留的情形：若车辆因交通事故、故障等原因被扣留（非违法原因），保管费用可能由车主自行承担，但需与停车场或拖车公司协商确定费用标准。

3. 费用争议的解决途径

   • 核实费用合法性：若车主被要求支付保管费用，可要求对方出示地方性法规依据及费用明细，确认费用是否合法。
     
   • 行政复议或诉讼：若认为费用收取违法，可向公安机关交通管理部门的上级机关申请行政复议，或直接向人民法院提起行政诉讼，要求返还费用并赔偿损失。

4. 实务建议

   • 及时处理违法事项：避免因超期未处理导致额外费用或车辆被处置。
     
   • 保留相关证据：如扣留凭证、费用通知单等，以便后续维权。
     
   • 咨询专业意见：若对费用收取有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情形为您提供法律分析。

总结：在大多数情况下，机动车因违法被扣留的保管费用由行政机关承担，车主无需支付。若遇例外情形或争议，建议通过法律途径维护自身权益。如有进一步疑问，欢迎随时向我提问。