轻微事故顶包的处罚决定部门主要是公安机关交通管理部门，若顶包行为构成犯罪的，则由司法机关（如法院）来决定处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、公安机关交通管理部门的处罚
行政处罚：
- 在轻微交通事故中，如果有人顶包，即冒名顶替实际驾驶人，这通常被视为一种逃避法律责任的行为。公安机关交通管理部门在调查清楚事实后，有权对顶包者和实际驾驶人分别进行行政处罚。
- 顶包者可能因提供虚假证言、谎报案情等行为，被处以罚款、拘留等行政处罚。实际驾驶人则可能因肇事逃逸（如果顶包行为被视为逃逸的一种形式）或其他交通违法行为，受到相应的行政处罚。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，公安机关交通管理部门负责处理交通事故，并有权对违法行为进行处罚。
二、司法机关的处罚（若构成犯罪）
刑事处罚：
- 如果顶包行为情节严重，构成犯罪（如包庇罪、妨害作证罪等），则案件将移送至司法机关（如检察院、法院）进行处理。
- 司法机关将根据犯罪事实和法律规定，对顶包者和实际驾驶人（如果其也涉及犯罪）进行刑事处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，包庇罪是指明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的行为。妨害作证罪则是指以暴力、威胁、贿买等方法阻止证人作证或者指使他人作伪证的行为。
三、实际案例与法律后果
- 在实际案例中，顶包行为往往会导致事故责任无法准确认定，从而影响赔偿和保险理赔。同时，顶包者和实际驾驶人都可能面临法律制裁，包括行政处罚和刑事处罚。
- 例如，如果顶包者被认定为包庇罪，可能面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制的处罚；如果实际驾驶人因肇事逃逸被追究刑事责任，也可能面临严厉的刑罚。
四、建议与提醒
- 在发生交通事故后，应如实向公安机关交通管理部门报告事故情况，配合调查处理。
- 切勿尝试顶包或逃避法律责任，否则将面临严重的法律后果。
- 如果对事故处理有疑问或需要法律帮助，应及时咨询专业律师（如我，赵季庞律师，专注于交通事故赔偿领域）。
综上所述，轻微事故顶包的处罚决定部门主要是公安机关交通管理部门，若构成犯罪则由司法机关来决定处罚。希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。