追缴的生态林补偿款可以上交国库，但需根据款项性质和法律规定进行区分处理。具体分析如下：

1. 若生态林补偿款属于违法所得或赃款
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条及《中华人民共和国行政处罚法》相关规定，违法所得（如通过破坏生态林非法获取的补偿款、骗取的补偿资金等）应当依法追缴或没收，并上缴国库。此类款项本质属于国家或集体财产，追缴后直接纳入国库管理。

2. 若生态林补偿款属于误发或超额发放需收回的款项
   若款项因行政错误（如重复发放、计算错误）导致需追回，其性质仍为公共财政资金。根据《财政违法行为处罚处分条例》及财政资金管理规定，此类款项应退回财政专户或国库，确保资金合规使用。

3. 若生态林补偿款涉及生态修复或赔偿资金
   若追缴款项用于弥补生态损害（如非法砍伐林木的赔偿金），需优先用于生态修复项目。根据《中华人民共和国民法典》第一千二百三十五条（生态损害赔偿）及《生态环境损害赔偿管理规定》，此类资金可能由政府指定部门管理，专项用于修复，剩余部分可依法上缴国库。

操作建议：

• 明确款项性质：通过审计、调查或司法程序确定资金来源及用途；
  
• 遵循法定程序：依据《行政强制法》《财政违法行为处罚处分条例》等规定，通过书面通知、听证等程序追缴；
  
• 专项管理：若需用于生态修复，应建立专户并接受监督，避免挪用。
  

如有具体案件细节（如款项来源、追缴主体等），可进一步分析法律适用及操作路径。