城区内违建问题主要由城市管理综合行政执法部门、城乡规划主管部门以及乡镇人民政府（针对特定区域）负责管理和处理，具体依据相关法律法规进行查处。以下是对这一问题的详细分析：

1. 城市管理综合行政执法部门：

   • 主要职责：该部门负责城市规划区内违反规划建设管理规定的违法建筑的查处工作。对于城区内未经规划许可擅自搭建的建筑物、构筑物，城市管理综合行政执法部门有权责令停止建设、限期拆除，并可组织强制拆除行动。
   • 法律依据：根据《城市管理执法办法（2017年版）》第八条，城市管理执法的行政处罚权范围包括住房城乡建设领域法律法规规章规定的行政处罚权，这意味着该部门拥有对违建行为的查处权力。

2. 城乡规划主管部门：

   • 主要职责：城乡规划主管部门负责城乡规划的实施监督管理，对未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的违法建筑进行查处。该部门可以依法作出处罚决定，包括责令改正、罚款、限期拆除等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

3. 乡镇人民政府（针对乡、村庄规划区内的小区或特定区域）：

   • 主要职责：对于乡、村庄规划区内的违法建设行为，乡镇人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。这主要适用于农村集体土地上的违建问题。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

处理建议与流程：

• 初步沟通协商：发现违建行为后，建议先与邻居或物业进行沟通协商，尝试通过和解方式解决。
• 向相关部门举报：若协商无果，应向当地的城市管理综合行政执法部门或城乡规划主管部门进行举报，并提供详细的证据材料，如照片、视频等。
• 配合调查处理：在相关部门进行调查处理过程中，应积极配合，提供必要的信息和支持，如提供违建的具体位置、建设时间等。
• 关注处理结果：对处理结果进行跟踪关注，确保违建行为得到妥善解决。如果对处理结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

额外提醒：

• 不同地区可能会根据实际情况对违建管理职责进行调整和明确，可能设立专门的违法建设整治办公室等机构来协调各部门工作。因此，在举报违建行为前，建议先了解当地的具体管理规定和执法部门职责划分。
• 作为业主或相关利益方，应了解并遵守相关法律法规，不擅自改变房屋结构或搭建违法建筑。如发现邻居有违建行为，应及时向相关部门举报，以维护小区的规划和秩序。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于房产纠纷的问题，可以直接向我咨询。