结论概述：商人行贿被留置后放出，并被要求退赃250万，这并不直接意味着相关案情已完全查清。退赃可能是案件处理过程中的一个环节，而案情的最终查清需要依据完整的调查程序和证据收集。

详细分析：

1. 留置与退赃的性质：

   • 留置是监察机关在调查职务犯罪时采取的一种限制人身自由的措施，其目的是为了深入调查案件事实。
   • 退赃则是指犯罪嫌疑人或被告人将其非法所得的财物退还给国家或受害者，这是量刑时的一个考虑因素，也可能是在调查过程中，监察机关认为有退赃必要而提出的。

2. 退赃与案情查清的关系：

   • 退赃并不直接等同于案情已查清。退赃可能是基于监察机关的初步调查，认为有退赃的必要，或者为了促使犯罪嫌疑人配合调查而提出的要求。
   • 案情的查清需要监察机关进行全面、深入的调查，收集足够的证据来证明犯罪事实的存在、犯罪嫌疑人的身份以及犯罪的具体情节等。

3. 可能的情况分析：

   • 调查阶段：商人被留置后放出并要求退赃，可能仍处于调查阶段。监察机关可能认为已经掌握了一定的证据，但还需要进一步调查来完善证据链。
   • 证据收集：退赃可能是监察机关为了获取更多证据或促使商人配合调查而采取的一种策略。商人退赃后，监察机关可能会继续调查其行贿的具体情节、资金来源、去向等。
   • 案件处理：即使商人退赃，也不意味着他一定会被免于刑事处罚。退赃只是量刑时的一个考虑因素，最终的处理结果还需要根据案件的具体情况和法律规定来决定。

4. 法律建议：

   • 如果商人确实涉及行贿行为，建议他积极配合监察机关的调查，如实陈述事实，争取从轻处理。
   • 商人可以咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以为他提供法律意见，帮助他制定合适的应对策略。

后续行动建议：

• 商人应继续关注案件的进展，及时了解监察机关的调查结果和可能的处理意见。
• 如果商人对监察机关的处理有异议，可以在法律规定的期限内提出申诉或申请复议。
• 在整个过程中，商人应保持与律师的沟通，确保自己的合法权益得到保护。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见。