电动自行车第二次闯红灯与第一次间隔3天的处罚，需结合具体违法情节及地方性法规综合判断，但通常遵循以下原则：

1. 行政处罚的独立性原则
   每次闯红灯行为均构成独立的交通违法行为，处罚不因间隔时间或次数叠加而改变单次处罚标准。根据《道路交通安全法》第89条，非机动车（含电动自行车）闯红灯的法定处罚为警告或5元以上50元以下罚款。若两次均被查获，理论上可分别处罚。

2. 地方性法规的强化处罚可能性
   部分地区通过地方立法对重复违法加重处罚。例如：

   • 深圳：根据《深圳经济特区道路交通安全违法行为处罚条例》，电动自行车一年内受处罚3次以上的，从第3次起每次处200元罚款；
     
   • 上海：虽未直接规定次数叠加处罚，但若第二次违法时存在“拒不接受处罚”等情节，可能面临扣车等强制措施。
     建议：需查询当地《道路交通安全条例》或咨询交管部门确认具体规则。

3. 累计违法与信用惩戒的关联
   部分城市将交通违法纳入个人信用体系。例如：

   • 杭州：电动自行车驾驶人一年内违法超5次的，可能影响个人征信、贷款等；
     
   • 南京：重复违法者需参加交通安全教育课程，否则可能影响车辆上牌或年检。
     影响：虽不直接增加罚款，但可能产生间接限制。

4. 特殊情节的处罚升级
   若第二次闯红灯时存在以下情形，处罚可能加重：

   • 引发交通事故（需承担主要或全部责任）；
     
   • 拒绝配合执法（如逃逸、阻碍执法）；
     
   • 车辆存在改装、超标等违规情形。
     结果：可能面临罚款上限（50元）、扣车甚至行政拘留（如阻碍执法）。

行动建议：

1. 立即通过“交管12123”APP或当地交警官网查询违法记录，确认两次违法是否均已录入系统；
   
2. 若对处罚有异议（如认为间隔时间影响处罚合理性），可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议；
   
3. 日常驾驶中严格遵守信号灯，避免因重复违法触发更严厉的监管措施。
   

提示：各地执法尺度存在差异，具体处罚需以交管部门认定为准。如有进一步疑问，可直接向我提供所在城市，我将结合地方性法规详细解答。