在行政诉讼中，被告提交的答辩状及其反驳意见通常会进入卷宗，成为案件审理的重要材料。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

1. 卷宗的构成与作用：

   • 卷宗是法院在审理案件过程中，将与案件相关的所有材料进行整理、归档形成的文件集合。它记录了案件的审理过程、证据材料、法律文书等，是法院作出判决的重要依据。
   • 答辩状作为被告对原告起诉状的回应，是案件审理中不可或缺的一部分。它包含了被告对原告指控的辩解、反驳意见以及相关证据，对于法院全面了解案情、公正审理案件具有重要意义。

2. 答辩状及其反驳意见的提交与归档：

   • 在行政诉讼中，被告在收到原告的起诉状后，需要在法定期限内提交答辩状。答辩状中应明确陈述被告的答辩意见，并可以附上相关证据材料。
   • 如果原告对被告的答辩状提出反驳意见，这些反驳意见也会作为案件材料的一部分，被提交给法院。
   • 法院在收到这些材料后，会将其整理归档，形成卷宗的一部分。这些材料在案件审理过程中会被法院仔细审查，以作为判决的依据。

3. 反驳意见进入卷宗的法律意义：

   • 反驳意见进入卷宗，意味着它成为了案件审理的正式材料，具有法律效力。法院在审理案件时，会充分考虑这些反驳意见，并结合其他证据材料，对案件进行全面、客观的判断。
   • 如果反驳意见具有合理性和法律依据，法院可能会采纳这些意见，从而对案件的判决结果产生影响。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 被告在提交答辩状及其反驳意见时，应确保材料的真实性和合法性。虚假陈述或伪造证据可能会面临法律责任。
   • 反驳意见应针对原告的指控进行有针对性的回应，避免泛泛而谈或无关紧要的陈述。
   • 被告应密切关注案件的审理进度，及时了解法院对答辩状及其反驳意见的审查情况，以便在必要时进行补充或修正。

建议：在行政诉讼中，被告应认真准备答辩状及其反驳意见，确保材料的真实性和合法性，并密切关注案件的审理进度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。