行政复议决定驳回申请的卷宗，行政机关在特定情况下是可以调阅的。不过，这并非一个绝对的结论，而是需要根据具体情况来分析。

首先，我们要明确的是，在行政复议程序进行中，申请人、第三人可以查阅被申请人提出的书面答复、作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料，除非这些材料涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私，行政复议机关不得拒绝。这是《中华人民共和国行政复议法》第二十三条第二款所明确规定的。

然而，当行政复议案件已经归档，即案件审理结束后，对于卷宗的调阅就不再像行政复议程序进行中那样自由了。一般来说，案件归档后，卷宗会被整理并保存，用于后续的档案管理和可能的司法审查。在这种情况下，行政机关如果想要调阅已经归档的行政复议卷宗，通常需要遵循一定的程序和规定。

具体来说，行政机关可能需要向档案管理部门提出调阅申请，并说明调阅的目的和理由。档案管理部门在审核申请后，会根据相关规定决定是否允许调阅，并可能要求行政机关在调阅过程中遵守一定的保密和安全管理规定。

综上所述，行政复议决定驳回申请的卷宗，行政机关在特定情况下是可以调阅的，但需要遵循一定的程序和规定。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。