结论：宅基地与邻居的宅基地有重合，法院是可以进行判定的，判决结果会根据重合的具体原因、双方的历史使用情况、相关法律规定以及证据情况等多种因素来综合确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法院判定宅基地重合的依据
土地管理法律法规：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，宅基地的使用权是受到法律保护的，任何单位和个人不得非法侵占。当宅基地出现重合时，法院会依据这些法律法规来判定双方的权利和义务。
历史使用情况：
- 法院在判定宅基地重合时，会考虑双方的历史使用情况。如果一方能够证明其长期、稳定地使用某块宅基地，而另一方则无法提供相反证据，那么法院可能会倾向于保护长期使用者的权益。
证据情况：
- 证据是法院判定宅基地重合的关键。双方需要提供相关的证据来证明自己对宅基地的使用权，如土地证、宅基地使用证、建房审批手续、邻居证明等。证据越充分、越有力，法院在判定时的倾向性就越明显。
二、法院可能的判决结果
确认宅基地使用权归属：
- 如果法院经过审理认为，某一方对重合部分的宅基地拥有合法的使用权，那么法院会判决确认该方的使用权，并要求另一方停止侵占、恢复原状或赔偿损失。
调解处理：
- 在某些情况下，法院可能会考虑双方的实际需求和利益平衡，通过调解的方式处理宅基地重合问题。例如，法院可以建议双方通过协商、互换土地或共同使用等方式来解决争议。
驳回诉讼请求：
- 如果法院认为原告的诉讼请求缺乏事实或法律依据，或者证据不足，那么法院可能会驳回原告的诉讼请求。这意味着原告需要承担败诉的风险，并可能需要承担诉讼费用等。
三、建议与注意事项
收集证据：
- 在处理宅基地重合问题时，双方应积极收集相关证据来证明自己的使用权。证据应真实、合法、有效，并能够形成完整的证据链。
协商解决：
- 在提起诉讼前，双方可以尝试通过协商的方式解决争议。协商解决不仅可以节省时间和精力，还可以维护邻里关系和谐。
寻求法律援助：
- 如果双方对宅基地重合问题存在争议且无法协商解决，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和诉讼策略，帮助当事人维护自己的合法权益。
遵守法院判决：
- 无论法院最终作出何种判决，双方都应遵守并执行。如果一方不履行法院判决，另一方可以申请强制执行或采取其他法律措施来维护自己的权益。
最后，宅基地与邻居的宅基地有重合是一个复杂的问题，需要综合考虑多种因素来判定。如果你或你的邻居遇到此类问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。