结论：在农民集体土地发包方与村民签订租赁协议的情况下，承包经营权原则上仍归原承包方（即村民或原承包户）所有，但具体归属需结合协议内容、土地用途及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 租赁协议的法律性质与承包经营权归属

• 租赁协议的本质：根据《民法典》合同编，租赁协议是发包方（集体经济组织或村委会）将土地使用权暂时转移给村民（承租方）使用的合同，不涉及承包经营权的转让。承包经营权是村民基于集体成员身份和承包合同取得的物权性权利，租赁协议仅赋予承租方在约定期限内的使用权。
• 例外情形：若租赁协议中明确约定“承包经营权转让”或“转包”，且符合《农村土地承包法》第36条（转包需经发包方同意）或第38条（转让需发包方同意并办理变更登记），则承包经营权可能转移至承租方。但此类协议需严格符合法定形式和程序，否则仅视为租赁关系。

2. 土地用途对承包经营权的影响

• 农业用途：若租赁土地用于农业生产（如种植、养殖），根据《农村土地承包法》第36条，承租方仅取得土地经营权（即经营性使用权），承包经营权仍归原承包方。此时，承租方需遵守土地用途管制，不得改变农业用途。
• 非农业用途：若租赁土地用于非农建设（如建厂、盖房），需符合《土地管理法》第44条（建设用地审批）和第63条（集体经营性建设用地入市）的规定。未经依法批准，此类租赁协议可能因违法而无效，承包经营权归属不受影响，但土地可能被收回或强制恢复原状。

3. 协议内容与法律风险的关联

• 协议条款的明确性：若租赁协议未明确约定承包经营权归属，仅约定租金、期限等条款，则默认承包经营权归原承包方。承租方仅享有使用权，无权处分土地（如转租、抵押）。
• 违法条款的效力：若协议中约定“承包经营权永久转让”或“免除发包方监管义务”等条款，因违反《农村土地承包法》的强制性规定（如第35条、第38条），此类条款无效，不影响承包经营权归属。

4. 实践中的常见纠纷与解决建议

• 纠纷类型：实践中常见纠纷包括承租方擅自改变土地用途、拖欠租金、转租未获同意等。此类纠纷中，承包经营权归属通常是争议焦点之一。
• 解决建议：
  1. 签订书面协议：明确约定租赁期限、用途、租金及违约责任，避免口头协议。
  2. 办理备案手续：根据《农村土地承包法》第37条，转包或出租需向发包方备案，以增强协议效力。
  3. 咨询专业律师：若涉及承包经营权转让或非农用途，务必提前咨询律师，确保协议合法有效。

总结：农民集体土地发包方与村民签订租赁协议时，承包经营权原则上归原承包方所有，但需根据协议内容、土地用途及法律规定综合判断。为避免纠纷，建议签订书面协议并办理备案手续，必要时咨询专业律师。如有具体法律问题，可直接向我咨询。