在评标过程中发生争议时，处理的方式需要依据具体情况和相关法律法规来细致操作。以下是一个详细且深入的处理流程：
一、争议识别与分类
首先，需要明确争议的性质和来源。争议可能源于评标委员会的评审错误、对招标文件理解的不一致、投标文件之间的冲突，或是其他违反法律法规和招标文件规定的情况。
二、针对评审错误的处理
评审错误类型区分：
- 若评审错误属于特定法规（如87号令六十四条）中明确规定的情形，且该错误影响了评标结果，那么在评标报告签署后，应组织原评标委员会进行重新评审。
- 若重新评审改变了结果，必须书面报告本级财政部门，以确保程序的合法性和结果的公正性。
- 若评审错误不属于上述特定情形，则不得重新评审。此时，可以考虑重新组建评标委员会进行评审，或者重新开展采购活动。但需注意，如果采购合同已经履行，则不得再重新组建评标委员会。
处罚措施：
- 如果评审专家未按采购文件进行评审，依据相关法律法规（如《中华人民共和国政府采购法实施条例》第七十五条及《政府采购评审专家管理办法》第二十七条）进行处罚，以维护评标的公正性和严肃性。
三、针对其他争议的处理
接收与记录：
- 招标人在接到投标人的质疑后，应立即履行接收手续，向投标人书面出具接收证明或在投标人提供的回执上签字确认，确保投标人的权益得到正式记录。
调查与纠正：
- 针对评标委员会造成的错误，评标委员会应纠正错误，并出具评标委员会意见。如果纠正错误导致改变中标结果，招标人应公示改变后的中标结果，并通知所有投标人。
- 若存在其他违反法律法规、招标文件规定的问题，招标人应根据具体情况采取相应的纠正措施，如重新评标、重新招标等。
答复与公示：
- 招标人应在合理的时间内给予书面答复，特别是政府采购项目，依据相关法律规定，质疑答复应在收到质疑之日起7个工作日内作出。答复内容应确保准确性和完整性。
- 如果需要对中标结果进行纠正，招标人应及时公示纠正后的中标结果，确保整个过程的公开、公正和透明。
四、沟通协调工作
与质疑方沟通：
- 与提出质疑的一方保持积极的沟通，了解他们的具体关注点和诉求，及时向他们反馈处理进展和结果，以消除他们的疑虑。
与中标方沟通：
- 与原中标方进行沟通，说明质疑成立的情况以及后续的处理措施，获取他们的理解和配合。若需要原中标方提供相关资料或解释，应及时提出要求。
五、遵循相关法规流程
在整个处理过程中，必须严格遵守法律法规和相关的规章制度，保证处理过程的透明度，及时向相关方披露必要的信息，主动接受行政监督部门的监督检查。
六、完善机制与预防措施
建立质疑、投诉处理机制和应急预案：
- 招标人、代理机构应建立完善的质疑、投诉处理机制和应急预案，以便在面对类似情况时能够更加迅速、有效地进行应对。
加强招标过程管理：
- 招标人、代理机构应不断强化业务学习和业务训练，全面掌握和正确理解政策法规，提高业务水平，加强对招标过程的管理和监督，确保整个招标过程的公正性和公平性，从源头上减少类似质疑、投诉事件的发生。
综上所述，评标过程中发生争议时，应依据具体情况和相关法律法规进行细致操作，确保处理过程的合法性和结果的公正性。同时，通过加强招标过程管理和完善质疑、投诉处理机制，可以有效预防类似争议的发生。