诉讼时效已过，法官仍要求提交合同证据，这并不矛盾，主要基于以下几点原因：
诉讼时效的抗辩权性质：
- 诉讼时效的经过，并不直接导致实体权利的消灭，而是赋予了义务人（被告）一项抗辩权。即，如果被告在诉讼中提出诉讼时效已过的抗辩，法院在查明事实后，可以驳回原告的诉讼请求。但如果被告未提出此抗辩，法院不得主动适用诉讼时效的规定。因此，即使诉讼时效已过，法官仍可能要求原告提交合同证据，以全面审查案件事实，确保裁判的公正性。
合同证据的重要性：
- 合同是双方权利义务的书面载体，是判断双方是否存在法律关系、法律关系内容以及是否违约等关键事实的重要依据。无论诉讼时效是否已过，合同证据都是查明案件事实、确定双方权利义务的基础。因此，法官要求提交合同证据，是为了更好地了解案件情况，作出公正裁判。
诉讼时效的例外情况：
- 诉讼时效制度并非绝对，存在多种例外情况。例如，如果原告能证明其在诉讼时效期间内曾向被告主张过权利，或者存在其他导致诉讼时效中断、中止的情形，那么诉讼时效可能并未真正经过。在这种情况下，合同证据就显得尤为重要，它可能成为证明诉讼时效未经过的关键证据。
法官的职责与审判原则：
- 法官的职责是查明案件事实，适用法律，作出公正裁判。在审判过程中，法官需要遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则。因此，即使诉讼时效已过，法官仍可能要求双方提交相关证据，包括合同证据，以确保案件事实的全面、准确查明。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 积极配合法官要求：按照法官的要求，及时、完整地提交合同证据及其他相关证据，以便法官全面审查案件事实。
- 关注被告的抗辩：在诉讼过程中，密切关注被告是否提出诉讼时效已过的抗辩。如果被告提出此抗辩，您需要准备相应的证据来反驳，如证明您在诉讼时效期间内曾向被告主张过权利等。
- 咨询专业律师：如果您对诉讼时效、合同证据提交等方面存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，诉讼时效制度的设计旨在保护交易安全、促进经济流转，而非鼓励债务人逃避债务。因此，在处理涉及诉讼时效的案件时，应全面、准确地理解法律规定，确保裁判的公正性和合理性。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。