协议内容合法有效，但签名人不合法的情况下，协议的效力需分情况讨论：

1. 签名人不合法对协议效力的直接影响：

   • 签名是合同成立的重要环节，它代表了合同当事人的真实意愿和承诺。若签名人不合法，即签名并非合同当事人本人或未经其合法授权，这通常意味着合同在形式上存在瑕疵。然而，合同效力并不完全取决于签名是否合法，而是需要综合考量合同内容、当事人真实意愿以及法律规定。

2. 合同内容合法有效但签名不合法时的处理：

   • 若合同内容确实合法有效，且能证明签名行为并非当事人真实意愿（如存在欺诈、胁迫等情形），或签名行为未经当事人合法授权，则该签名行为可能被视为无效，进而影响合同的成立或效力。在此情况下，合同可能因签名不合法而被认定为未成立或无效，具体取决于签名瑕疵的严重程度及对合同整体效力的影响。
   • 若合同内容合法有效，且尽管签名不合法，但当事人事后以实际行动（如履行合同义务）追认了合同的效力，则合同可能被视为有效。例如，非签名方实际接受了合同项下的服务或货物，并支付了相应款项，这可能被视为对合同效力的追认。

3. 法律建议：

   • 对于签名不合法的情况，建议当事人及时采取措施纠正，如重新签订合法有效的合同、获取合法授权后补签等，以确保合同的合法性和有效性。
   • 若因签名不合法导致合同纠纷，当事人应收集相关证据，如合同文本、签名样本、授权文件、履行合同的相关证据等，以证明自己的主张。
   • 在处理此类纠纷时，建议当事人咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略，维护自己的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 若合同因签名不合法而被认定为无效或未成立，当事人可能无法依据合同主张权利，如要求对方履行合同义务、承担违约责任等。
   • 若因签名不合法导致合同纠纷并引发诉讼，当事人可能需要承担举证责任，证明自己的主张，并可能面临败诉的风险。

总结来说，协议内容合法有效但签名人不合法时，协议的效力并非绝对无效，而是需要根据具体情况综合考量。建议当事人在遇到此类情况时，及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。