国有企业配合政府部门协查的法律依据主要来源于多个法律法规，这些法规明确了国有企业在面对政府部门协查时的义务和责任。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
《中华人民共和国企业国有资产法》的相关规定：
- 虽然该法主要关注的是企业国有资产的监督与管理，但其中也隐含了国有企业需配合国家相关部门工作的精神。特别是当政府部门因公共利益或法律执行需要，对国有企业进行协查时，国有企业有义务提供必要的协助。
《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，任何单位和个人，包括国有企业，都有义务配合司法机关的调查工作。这包括提供与案件相关的证据、资料，以及协助司法机关进行必要的调查活动。国有企业作为社会的重要组成部分，同样需要遵守这一法律义务。
《中华人民共和国行政监察法》（虽已废止，但相关精神在后续法规中得以延续）及后续相关法规：
- 在《行政监察法》有效期间，它规定了国有企业有义务配合行政监察机关的监察工作。虽然该法现已废止，但相关精神在后续的《中华人民共和国监察法》等法规中得到了延续和强化。国有企业现在需要配合监察机关的调查工作，包括提供必要的资料和协助调查活动。
具体行政法规和部门规章：
- 除了上述法律外，还有一系列具体的行政法规和部门规章也规定了国有企业配合政府部门协查的义务。例如，税务、工商、环保等部门在执行其法定职责时，可能需要国有企业的协助。国有企业应当根据这些部门的具体要求，提供必要的资料和协助。
国有企业内部规章制度：
- 国有企业通常也会制定内部规章制度，明确员工在面对政府部门协查时的具体职责和操作流程。这些规章制度虽然不属于法律法规的范畴，但它们是基于法律法规的要求制定的，因此也具有相应的约束力。
法律建议：
- 国有企业应当建立健全内部机制，确保在面对政府部门协查时能够迅速、有效地响应。这包括指定专门的部门或人员负责与政府部门沟通、协调，以及制定详细的协查流程和操作规范。
- 国有企业应当加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。这样，在面对政府部门协查时，员工能够准确理解政府的要求，并按照法律法规和内部规章制度的要求提供协助。
- 如果国有企业对政府部门的协查要求存在疑问或异议，应当及时与政府部门沟通，寻求法律上的明确解释和指导。在必要时，可以寻求专业律师的帮助，以确保企业的合法权益得到保护。
可能法律后果：
- 如果国有企业拒绝或阻碍政府部门的协查工作，可能会面临法律上的不利后果。这包括被政府部门处以罚款、责令改正等行政处罚，甚至可能涉及刑事责任。因此，国有企业应当认真对待政府部门的协查要求，积极配合并提供必要的协助。
综上所述，国有企业配合政府部门协查的法律依据主要来源于多个法律法规和内部规章制度。国有企业应当建立健全内部机制、加强员工法律培训，并在面对协查要求时积极配合、提供必要的协助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。