结论：当地政府在符合法定条件及程序的情况下，对国有土地中的耕地、高标准农田，有权收取相关费用，但需严格依据具体法律法规及政策规定，不同费用类型有不同要求。以下展开详细分析：
土地有偿使用费
- 法律依据及权利来源
根据《中华人民共和国土地管理法》以及相关土地出让、租赁等法规规定，对于国有土地，政府作为土地所有者代表，有权通过出让、租赁等方式将土地使用权让渡给使用者，并收取土地有偿使用费，这包括土地出让金、土地租金等。如果国有耕地、高标准农田是以出让或租赁等有偿方式供使用者使用，当地政府当然有权收取相应的土地有偿使用费。
- 收费标准及程序
土地有偿使用费的收取标准通常由省级人民政府根据国家有关规定制定，并报财政部、国土资源部备案。收费程序方面，政府需与土地使用者签订出让合同或租赁合同，明确双方权利义务，包括费用金额、支付方式、支付期限等条款。
耕地开垦费（针对占用耕地情况）
- 适用情形及权利依据
如果因建设等需要占用国有耕地（包括高标准农田），根据《中华人民共和国土地管理法》第三十条规定，非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。在这种情况下，当地政府有权收取耕地开垦费。
- 收费标准及管理
耕地开垦费的收费标准由各省、自治区、直辖市根据当地实际情况制定，一般会考虑占用耕地的类型、质量、地理位置等因素。收取的耕地开垦费纳入财政预算管理，专项用于耕地开垦项目，确保耕地占补平衡。
农业基础设施配套费（视地方政策而定）
- 可能存在的收费情况及依据
部分地方政府为了加强农业基础设施建设，提高农田综合生产能力，可能会出台相关政策，对使用国有耕地、高标准农田进行农业开发等活动的单位或个人收取一定的农业基础设施配套费。这种收费需要有明确的地方性法规或政府规章作为依据，并且收费项目和标准需经过合法的审批程序。
- 合法性审查要点
如果当地政府拟收取农业基础设施配套费，需审查其是否具备相应的法律依据，收费标准是否合理，是否遵循了法定程序如听证等，以确保收费行为的合法性和合理性。
注意事项
- 合法性审查
当地政府收取任何费用都必须有明确的法律法规或政策依据，不得擅自设立收费项目、提高收费标准或扩大收费范围。如果政府收取费用行为缺乏合法依据，土地使用者有权拒绝缴纳，并可通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。
- 费用使用监督
对于收取的各项费用，政府应严格按照规定用途使用，接受财政、审计等部门的监督。土地使用者也有权了解费用的使用情况，确保费用真正用于农业发展和耕地保护等相关领域。
如果遇到当地政府收取费用情况不明、收费依据不足或对收费有异议等问题，可直接向我咨询，我会结合具体情况为你详细分析解答。