结论：一个店铺有多个执照进行贷款，后期若不还款，店铺转让确实可能会受到影响，具体影响程度取决于贷款合同的具体条款、贷款机构的追偿措施以及店铺转让的具体情况。
分析如下：
贷款合同条款：
- 首先，需要审查每个贷款合同的具体条款。合同中可能明确规定了贷款用途、还款方式、违约责任以及贷款机构在借款人违约时的权利等。如果合同中明确规定了店铺转让需经贷款机构同意，或者转让后贷款责任仍由原借款人承担，那么店铺转让就会受到较大限制。
- 即便合同中没有明确规定转让需经贷款机构同意，但贷款机构在发现借款人违约后，仍可能采取法律手段追偿，包括但不限于起诉、申请财产保全等，这些措施都可能对店铺转让造成影响。
贷款机构的追偿措施：
- 当借款人违约不还款时，贷款机构通常会采取一系列追偿措施。这些措施可能包括向法院提起诉讼、申请强制执行、将借款人列入失信被执行人名单等。这些措施不仅会影响借款人的个人信用，还可能对店铺的正常运营和转让造成障碍。
- 特别是如果贷款机构申请了财产保全，店铺的资产（包括但不限于设备、存货、应收账款等）可能被冻结或查封，这将直接影响店铺的转让价值和转让进程。
店铺转让的具体情况：
- 店铺转让涉及多个方面，包括但不限于资产交接、债务承担、员工安置等。如果店铺存在未清偿的贷款债务，转让过程就会变得复杂。
- 潜在买家在了解店铺存在贷款债务后，可能会要求降低转让价格、要求原卖家承担部分或全部债务、或者要求在转让合同中明确债务承担条款等。这些要求都可能对转让进程造成影响。
法律建议：
- 审查贷款合同：在考虑店铺转让前，务必仔细审查每个贷款合同的具体条款，了解贷款机构在借款人违约时的权利以及店铺转让是否受到限制。
- 与贷款机构沟通：如果确实需要转让店铺，建议提前与贷款机构沟通，说明转让原因和计划，争取获得贷款机构的理解和支持。如果可能的话，可以尝试与贷款机构协商修改贷款合同条款，以减轻转让过程中的障碍。
- 咨询专业律师：在转让过程中，建议咨询专业律师的意见，确保转让过程合法合规，避免因不了解法律而引发不必要的纠纷和损失。
可能后果：
- 如果未经贷款机构同意擅自转让店铺，且贷款合同中有明确规定转让需经贷款机构同意，那么贷款机构有权要求原借款人继续承担还款责任，并可能采取法律手段追偿。
- 如果转让过程中存在欺诈、隐瞒等违法行为，原卖家还可能面临法律责任和声誉损失。
因此，在考虑店铺转让时，务必谨慎对待贷款债务问题，确保转让过程合法合规、顺利无阻。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。