公司承包的工程中发生两人死亡的情况，将可能面临一系列严重的法律后果和责任，具体分析如下：
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果事故是由于公司或相关责任人员的重大责任事故、强令违章冒险作业等行为导致的，可能构成重大责任事故罪或强令、组织他人违章冒险作业罪。
- 重大责任事故罪通常涉及在生产、作业中违反有关安全管理的规定，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为。根据情节轻重，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，可能面临三年以上七年以下有期徒刑。
- 若存在强令他人违章冒险作业，或者明知存在重大事故隐患而不排除，仍冒险组织作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的，将面临更严厉的刑罚，包括五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，可能面临五年以上有期徒刑。
行政责任：
- 公司可能因违反安全生产法规而受到行政处罚，如罚款、停产整顿、吊销安全生产许可证等。
- 相关责任人员也可能受到行政处罚，如罚款、撤职、开除等，具体取决于其职责和过错程度。
民事责任：
- 公司需要承担对死亡员工家属的民事赔偿责任，包括但不限于丧葬费、死亡赔偿金、被扶养人生活费等。
- 如果事故还造成了其他财产损失或人身伤害，公司也需要承担相应的赔偿责任。
其他后果：
- 公司的声誉和信誉可能受到严重损害，影响未来的业务发展和市场竞争力。
- 公司可能需要投入大量资源进行事故调查、整改和赔偿，对公司的财务状况造成压力。
针对此情况，我给出以下建议：
- 立即报告：公司应立即向当地安全生产监督管理部门报告事故，并配合调查工作。
- 积极整改：根据事故调查结果，公司应积极采取措施进行整改，消除安全隐患，防止类似事故再次发生。
- 妥善处理赔偿事宜：公司应与死亡员工家属进行协商，妥善处理赔偿事宜，以维护社会稳定和公司形象。
- 加强安全管理：公司应加强安全生产管理，完善安全制度，提高员工安全意识，确保生产安全。
若公司面临此类情况或有任何疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。