结论：高校合同中约定提前三个月辞职是否合法，不能一概而论，需结合合同性质、具体条款内容以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同性质与条款效力
劳动合同角度：
- 若高校与员工签订的是劳动合同，则双方的权利义务受《中华人民共和国劳动合同法》调整。
- 根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律对劳动者单方解除权的明确规定，无需用人单位同意。
- 若合同中约定“提前三个月辞职”且未附加其他合理条件（如培训服务期、竞业限制等），则该条款可能因违反法律强制性规定而无效。因为法律已明确规定劳动者提前三十日通知即可解除合同，合同不得擅自延长此期限。
民事合同角度：
- 若高校与员工签订的是民事合同（如聘用合同、劳务合同等），且双方地位平等、意思自治，则合同条款原则上有效。
- 但即使如此，若合同中约定的“提前三个月辞职”条款显失公平（如员工需承担过高违约金、高校未提供对等权益等），员工仍可依据《民法典》相关规定请求法院或仲裁机构变更或撤销该条款。
二、特殊情形下的条款效力
培训服务期：
- 若高校为员工提供了专项培训费用并约定了服务期，员工在服务期内辞职的，需按约定支付违约金。但违约金数额不得超过高校提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
- 在此情形下，合同中约定的“提前三个月辞职”可能作为服务期的一部分或与违约金挂钩，但需符合法律对违约金数额的限制。
竞业限制：
- 若高校与员工约定了竞业限制条款，员工在竞业限制期限内辞职的，需按约定支付违约金或遵守竞业限制义务。
- 但竞业限制期限不得超过二年，且高校需按月给予员工经济补偿。合同中约定的“提前三个月辞职”若与竞业限制相关，需符合上述法律限制。
三、法律建议
审查合同条款：
- 员工应仔细审查合同中关于辞职的条款，确认是否违反法律强制性规定或显失公平。
- 若条款违法或显失公平，员工可与高校协商修改或拒绝签署。
保留证据：
- 若员工已签署合同且认为条款不合法或不合理，应保留合同原件、沟通记录等证据，以备后续维权之需。
寻求法律帮助：
- 若员工与高校就辞职问题产生争议，可咨询专业律师（如我）进行法律分析，并根据律师建议采取相应措施（如申请劳动仲裁、提起诉讼等）。
总结：高校合同中约定“提前三个月辞职”是否合法，需结合合同性质、具体条款内容以及相关法律法规综合判断。员工在签署合同前应仔细审查条款，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。