结论：对于提供非法侵入计算机工具罪，流水13万获利3万且已退赃的情况，具体的量刑会受到多种因素的影响，包括犯罪情节的严重程度、被告人的认罪态度、退赃情况等。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，提供专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具，或者明知他人实施侵入、非法控制计算机信息系统的违法犯罪行为而为其提供程序、工具，情节严重的，构成提供非法侵入计算机工具罪。对于此类犯罪，法律会根据犯罪情节的严重程度，规定相应的刑罚。
二、量刑因素
犯罪情节：
- 流水金额和获利金额是衡量犯罪情节严重程度的重要指标。在此案例中，流水13万、获利3万，表明犯罪行为已经达到了一定的规模，但具体情节的严重程度还需结合其他因素综合判断。
- 犯罪手段、持续时间、影响范围等也是考虑犯罪情节的重要因素。
认罪态度：
- 被告人是否认罪、是否如实供述犯罪事实、是否积极配合调查等，都会影响量刑。认罪态度好的被告人，通常会在量刑时得到一定的从宽处理。
退赃情况：
- 退赃是量刑时的重要考量因素。在此案例中，被告人已经退赃，这表明其有一定的悔罪表现，可能会在量刑时得到一定的减轻。
三、可能的法律后果
基准刑：
- 根据犯罪情节的严重程度，法院会首先确定一个基准刑。这个基准刑会根据具体的法律规定和司法实践来确定。
量刑调整：
- 在确定基准刑后，法院会根据被告人的认罪态度、退赃情况等因素，对基准刑进行相应的调整。认罪态度好、退赃积极的被告人，可能会得到一定的从宽处理。
具体量刑：
- 由于每个案件的具体情况都不同，因此无法直接给出一个具体的量刑结果。但根据类似案例的司法实践，对于提供非法侵入计算机工具罪，如果犯罪情节不是特别严重，且被告人有认罪、退赃等表现，法院可能会判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。当然，这只是一个大致的估计，具体量刑还需由法院根据案件的具体情况来决定。
四、建议
积极配合调查：
- 如果被告人或其家属正在面临此类指控，建议积极配合调查，如实供述犯罪事实，以争取从宽处理。
寻求专业法律帮助：
- 刑事案件涉及复杂的法律程序和专业知识，因此建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据案件的具体情况，为被告人提供有针对性的法律建议和辩护策略。
关注退赃和认罪态度：
- 退赃和认罪态度是量刑时的重要考量因素。因此，被告人或其家属应积极退赃，并表现出良好的认罪态度，以争取更轻的量刑。
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