企业违建问题主要由多个政府部门协同管理，具体职责依据违法建设的性质、地点及严重程度而有所分工。以下是从不同角度对企业违建处理部门的详细解析：

1. 城乡规划主管部门

   • 管辖情形：对于城市规划区内未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的违建行为，城乡规划主管部门具有直接的查处权。
   • 具体职责：该部门会责令停止建设，并根据违建情况决定是否限期改正、罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等处罚。例如，若企业未经许可擅自搭建厂房或扩建建筑，城乡规划主管部门将依据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定进行查处。

2. 自然资源主管部门

   • 管辖情形：自然资源主管部门主要负责监管违反土地利用总体规划擅自改变农用地用途，以及在城市和村庄、集镇建设用地规模范围外非法占用土地建设的行为。
   • 具体职责：对于企业非法占用土地进行建设的行为，自然资源主管部门会责令退还非法占用的土地，并依法进行处罚。这包括拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可能并处罚款。

3. 乡镇人民政府

   • 管辖情形：在乡、村庄规划区内，乡镇人民政府对未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定建设的违建行为具有管辖权。
   • 具体职责：乡镇人民政府会责令停止建设，限期改正；逾期不改正的，可以拆除违建。这主要针对农村地区的企业违建行为，如农村企业未经审批擅自建房等。

4. 城市管理综合执法部门

   • 职责概述：在一些地方，城市管理综合执法部门集中行使违建查处权，负责日常巡查、监管和执法工作。
   • 具体行动：该部门会对未经规划许可擅自搭建的建筑物、构筑物进行查处，包括责令停止建设、限期拆除等。若企业违建行为发生在城市规划区内，且未取得相关许可，城市管理综合执法部门将依法进行查处。

5. 住房和城乡建设部门

   • 管辖情形：住房和城乡建设部门主要负责监管涉及建筑工程施工许可、工程质量安全等方面的违建行为。
   • 具体职责：对于企业未取得施工许可证擅自施工的行为，住房和城乡建设部门会责令停止施工，限期改正，并可处以罚款。这主要针对企业在进行建筑工程施工时未依法办理相关手续的情况。

补充建议：

• 了解当地规定：不同地区可能会根据实际情况对违建管理职责进行调整和明确。因此，企业在面对违建问题时，应首先了解当地的具体管理规定和执法部门职责划分。
• 积极配合执法：若企业被认定为违建行为，应积极配合政府部门的执法工作，按照要求停止建设、限期改正或拆除违建。避免因拒不配合而面临更严重的法律后果。
• 寻求法律帮助：若企业对违建认定或处罚决定存在异议，可以寻求专业律师的法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

企业在修建建筑物前，务必了解并遵守相关法律法规，确保建设行为的合法性。若遇到违建问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。