结论：国企改制25年后在正常运营中遇到拆迁，当地政府支持股东搞清算，这一行为是否合理，不能一概而论，需要从多个角度进行分析，包括国企改制时的约定、公司章程规定、股东会决议程序以及清算的法定条件等。
分析角度一：国企改制时的约定与公司章程
改制约定：国企改制时，通常会涉及股权结构、公司治理、利润分配等多方面的约定。如果改制时明确约定了在企业遇到特定情况（如拆迁）时，股东有权启动清算程序，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么股东在符合约定条件的情况下提出清算，是有一定合理性的。
公司章程规定：公司章程是公司的“宪法”，规定了公司的组织架构、股东权利与义务、决策程序等。如果公司章程中明确规定了在企业拆迁等情况下股东可以提出清算，并且这一规定合法有效，那么股东的行为也是符合公司章程的。
分析角度二：股东会决议程序
决议程序合法性：即使国企改制时的约定或公司章程中规定了股东在特定情况下可以提出清算，但这一决策仍需通过股东会或股东大会的合法程序作出。如果股东在未按照法定程序召开股东会或股东大会，或者未达到法定表决比例的情况下擅自决定清算，那么这一行为是违法的，也是不合理的。
保护小股东利益：在股东会决议过程中，还需要特别注意保护小股东的利益。如果大股东利用控股地位强行通过清算决议，而忽视了小股东的合法权益，那么这一决议也是可能被撤销或认定为无效的。
分析角度三：清算的法定条件
清算条件：根据《公司法》的规定，公司清算通常发生在公司解散、被依法宣告破产等法定情形下。如果企业仅因拆迁而面临经营困难或资产处置问题，但并未达到解散或破产的条件，那么股东擅自启动清算程序是不符合法律规定的。
政府支持与法律程序：当地政府支持股东搞清算，并不意味着这一行为就必然合法合理。政府的行为也需要遵循法律法规的规定，不能干预企业的正常经营决策。如果政府支持股东清算的行为缺乏法律依据或违反了法定程序，那么这一行为也是可能被质疑或撤销的。
建议：
审查改制文件与公司章程：首先，需要仔细审查国企改制时的相关文件以及公司章程，明确股东在特定情况下是否有权提出清算以及清算的具体程序。
召开股东会或股东大会：如果股东认为有必要启动清算程序，应当按照法定程序召开股东会或股东大会，并确保决议的合法性和有效性。
咨询专业律师：由于清算涉及复杂的法律程序和利益关系，建议企业在面临此类问题时咨询专业律师的意见，以确保决策的合法性和合理性。
关注政府行为合法性：如果当地政府支持股东清算的行为存在疑问或争议，企业也可以考虑通过法律途径维护自身权益，包括质疑政府行为的合法性或申请行政复议等。
总之，国企改制25年后在正常运营中遇到拆迁时，股东是否可以搞清算需要综合考虑多个因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。