针对您提出的“非法行医被行政处罚后三年过了诉讼时效怎么办”这一问题，我的结论是：诉讼时效的经过并不意味着您完全丧失了法律救济的途径，但确实会对您的权利主张产生一定影响。具体如何处理，需结合您想要主张的权利类型及实际情况来分析。以下是我为您详细分析的几种情况：

1. 行政处罚的效力不受诉讼时效直接影响：

   • 行政处罚决定一旦作出并送达，即具有法律效力，除非通过法定程序（如行政复议或行政诉讼）被撤销或变更，否则其效力不受诉讼时效的影响。
   • 如果您对行政处罚决定本身有异议，如认为处罚过重、事实认定错误等，且该决定仍在可申请行政复议或提起行政诉讼的期限内（通常为知道处罚决定之日起60日内申请复议，6个月内提起诉讼），您应及时行使这些权利。

2. 若涉及民事赔偿，诉讼时效的经过可能影响赔偿请求：

   • 如果您因非法行医行为给他人造成损害，并希望追究民事赔偿责任，那么诉讼时效的经过（通常为知道或应当知道权利被侵害之日起3年）可能会成为对方抗辩的理由。
   • 但请注意，即使诉讼时效已过，如果对方自愿履行赔偿义务，您仍有权接受。此外，在某些特殊情况下，如对方未提出诉讼时效抗辩或存在其他使诉讼时效中断、中止的情形，您仍可能获得法院的支持。

3. 考虑是否存在诉讼时效中断或中止的情形：

   • 诉讼时效并非绝对不可延长或重新计算。如果您在诉讼时效期间内因不可抗力或其他正当理由无法行使请求权，诉讼时效可能会中止；如果您向对方主张过权利或对方同意履行义务等，诉讼时效可能会中断并重新计算。
   • 因此，您应仔细回顾自知道或应当知道权利被侵害以来的所有相关事实，看是否存在可能使诉讼时效中断或中止的情形。

4. 寻求法律途径外的解决方式：

   • 如果诉讼时效确实已过，且无法通过法律途径直接获得救济，您仍可以考虑与对方进行协商，寻求和解或调解等非诉讼方式解决纠纷。
   • 此外，您还可以向相关行政部门或行业协会反映情况，寻求他们的帮助和支持。

行动建议：

• 仔细审查行政处罚决定书及相关证据材料，确定您对处罚决定本身是否有异议及异议的具体内容。
• 如果涉及民事赔偿且诉讼时效可能已过，尽快咨询专业律师（即向我咨询），评估是否存在诉讼时效中断或中止的情形以及通过其他途径获得救济的可能性。
• 考虑与对方进行协商或寻求第三方调解等非诉讼方式解决纠纷。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。