针对民事案件中按委托合同执行，但对方检察监督认定委托合同无效的情况，可按以下步骤处理：

1. 确认合同无效的法律依据与事实认定
   首先需明确检察监督认定合同无效的具体依据（如《民法典》第153-155条关于合同无效的情形，包括违反法律强制性规定、违背公序良俗、恶意串通损害他人权益等）。同时，需审查检察监督认定的事实是否充分，例如是否存在伪造证据、程序违法等问题。若对认定结果有异议，可依法申请复议或通过诉讼程序主张权利。

2. 分析合同无效后的法律后果
   根据《民法典》第157条，合同无效后，因该合同取得的财产应当返还；无法返还或没必要返还的，应折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失，双方均有过错的，按过错比例分担。具体到委托合同：

   • 财产返还：若对方已基于合同取得财产（如委托费用、标的物），需返还；若已消耗或无法返还，需折价补偿。
     
   • 损失赔偿：若因合同无效导致一方受损（如履行合同产生的费用、预期利益损失），需根据双方过错划分责任。例如，若一方故意隐瞒事实导致合同无效，可能需承担主要赔偿责任。
     
   • 特殊情形：若委托合同涉及无偿代理，可能仅需返还财产，无需赔偿损失；若涉及恶意串通，可能面临更严格的法律责任。

3. 启动法律程序维护权益

   • 协商解决：可优先与对方协商，明确合同无效后的财产返还与损失赔偿方案，降低诉讼成本。
     
   • 提起诉讼：若协商无果，可向法院提起民事诉讼，要求对方返还财产、赔偿损失。诉讼中需提供证据证明合同无效的过错方及损失金额（如合同文本、转账记录、沟通记录等）。
     
   • 申请再审或抗诉：若检察监督认定合同无效的程序存在违法（如未依法听取当事人意见、证据不足），可依法申请法院再审或向检察院申请抗诉，推翻原认定。

4. 预防类似风险的建议

   • 合同审查：签订委托合同前，确保内容合法合规，避免涉及禁止性规定或公序良俗。
     
   • 证据留存：履行合同过程中，保留相关证据（如付款凭证、交付记录、沟通记录），以备争议时使用。
     
   • 法律咨询：涉及复杂交易或高风险领域时，提前咨询律师，评估合同效力与风险。

总结：面对检察监督认定委托合同无效的情况，需先确认认定依据与事实，再分析法律后果并启动相应程序（协商、诉讼或申请再审），最后通过合同审查与证据留存预防风险。若需进一步分析具体案情或制定策略，可直接向我咨询。