结论：在拒执罪案件中，若检察院未将申请执行人列为被害人，导致被害人合法权益受损，申请执行人可以通过多种途径来维护自身权益，包括向检察院提出异议、申请法律监督、提起刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼等。

详细分析：

1. 向检察院提出异议：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，被害人对检察院的处理决定有异议的，有权向检察院提出申诉或控告。
   • 操作建议：申请执行人可以准备相关证据材料，如执行申请书、法院执行裁定书、拒执罪的相关证据等，向检察院提出书面异议，说明自己作为被害人的身份及合法权益受损的情况，要求检察院重新审查并作出正确决定。

2. 申请法律监督：

   • 法律依据：检察院作为法律监督机关，有义务对刑事诉讼活动进行监督。若申请执行人认为检察院在处理拒执罪案件中存在违法行为或不当决定，可以向上一级检察院申请法律监督。
   • 操作建议：申请执行人应详细阐述检察院在处理案件中的违法行为或不当决定，并提供相关证据材料，向上级检察院提交法律监督申请书，请求上级检察院对下级检察院的处理决定进行审查并纠正。

3. 提起刑事附带民事诉讼：

   • 法律依据：在刑事诉讼过程中，被害人有权提起刑事附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人赔偿因其犯罪行为造成的物质损失。
   • 操作建议：若拒执罪案件已进入刑事诉讼阶段，申请执行人可以向法院提起刑事附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人赔偿因拒不执行判决、裁定而造成的经济损失。在提起诉讼时，申请执行人应准备充分的证据材料，如损失清单、相关票据等，以证明自己的损失情况。

4. 单独提起民事诉讼：

   • 法律依据：若刑事诉讼程序无法充分保障申请执行人的合法权益，申请执行人还可以单独提起民事诉讼，要求犯罪嫌疑人承担民事责任。
   • 操作建议：申请执行人可以向有管辖权的法院提起民事诉讼，要求犯罪嫌疑人赔偿因拒不执行判决、裁定而造成的经济损失。在提起诉讼时，申请执行人应准备充分的证据材料，并明确诉讼请求和事实理由。

额外建议：

• 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议申请执行人咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。律师可以根据案件的具体情况，为申请执行人制定合适的维权策略。
• 关注案件进展：申请执行人应密切关注拒执罪案件的进展情况，及时与检察院、法院等司法机关沟通联系，了解案件的处理结果和自身权益的保障情况。

后续行动依据：

• 若检察院在收到异议或法律监督申请后，未依法作出处理决定或处理决定不当，申请执行人可以进一步向上级检察院或相关监督机关反映情况，寻求更高级别的法律监督。
• 若通过刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼获得赔偿后，犯罪嫌疑人仍拒不履行赔偿义务，申请执行人可以向法院申请强制执行，以保障自身合法权益的实现。