结论：与公司交易但由员工签字，其有效性需分情况讨论，主要取决于员工是否获得公司明确授权、交易性质及金额、是否构成表见代理等因素。以下从不同角度详细分析：

一、员工有公司明确授权的情况

1. 授权形式：若公司通过书面授权书、董事会决议、股东会决议等形式，明确授权某员工代表公司签署特定交易文件，则该员工签字行为视为公司行为，交易文件对公司具有法律约束力。

   • 例子：公司授权销售部经理张某代表公司与客户签署《买卖合同》，张某在合同上签字后，合同直接约束公司与客户。

2. 授权范围：授权需明确交易类型、金额上限等关键条款。若员工超出授权范围签字，除非公司事后追认，否则超出部分对公司不生效。

   • 例子：公司授权张某签署金额不超过100万元的合同，张某擅自签署200万元合同，超出部分公司可拒绝履行。

二、员工无明确授权但构成表见代理的情况

1. 表见代理构成要件：

   • 员工以公司名义与第三方交易；
   • 第三方有理由相信员工有代理权（如员工持有公司公章、合同专用章、空白合同等）；
   • 第三方善意且无过失（即不知员工无权代理且无重大疏忽）。
   • 例子：公司财务人员李某持加盖公章的空白合同与客户签署借款协议，客户有理由相信李某有代理权，即使公司未实际授权，也可能构成表见代理，公司需承担还款责任。

2. 法律后果：若构成表见代理，交易文件对公司具有法律约束力，公司需承担合同权利义务，但可向无权代理的员工追偿因代理行为造成的损失。

三、员工无授权且不构成表见代理的情况

1. 员工个人行为：若员工未获公司授权，且第三方明知或应知员工无权代理（如员工以个人名义签字、未出示公司授权文件等），则交易文件仅约束员工个人，对公司不生效。

   • 例子：公司普通员工王某未经授权，以个人名义与客户签署《合作协议》，协议仅约束王某与客户，公司无需履行。

2. 公司追责：公司可因员工擅自以公司名义交易造成损失，要求员工承担赔偿责任（如赔偿公司名誉损失、诉讼费用等）。

四、特殊交易类型的注意事项

1. 重大交易需公司盖章：对于涉及公司重大利益（如股权转让、大额借贷、资产处置等）的交易，即使员工有授权，也建议要求公司加盖公章或合同专用章，以增强合同效力。
2. 员工签字与盖章的效力：若合同仅由员工签字但未加盖公司公章，需结合授权情况、表见代理构成要件等综合判断效力。实践中，法院可能要求第三方证明员工有代理权或构成表见代理。

五、法律建议

1. 对第三方：

   • 交易前要求员工出示公司授权文件（如授权书、公章等）；
   • 核实员工身份及授权范围（如通过公司官网、工商登记信息等）；
   • 重大交易要求公司加盖公章或合同专用章。

2. 对公司：

   • 完善授权管理制度，明确授权范围、期限及审批流程；
   • 加强对公章、合同专用章、空白合同的管理，防止员工擅自使用；
   • 发现员工擅自以公司名义交易时，及时向第三方发出书面声明，避免构成表见代理。

总结：与公司交易但由员工签字，其有效性需结合授权情况、表见代理构成要件等综合判断。为避免纠纷，建议交易前核实员工授权，重大交易要求公司盖章，并保留相关证据。如有具体交易场景或纠纷，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律分析。