学校在一定条件下有权扣发在编教师的工资，但这一行为必须严格遵循相关法律法规和学校的规章制度，确保合法、合理且程序规范。以下是对此问题的全面分析：
合法扣发工资的条件
正当理由：
- 学校可依据合法制定、民主程序通过并向教师公示的绩效考核制度，对教师的工作表现、教学成果、师德师风等方面进行考核评估。若教师考核不达标，学校可根据考核结果适当扣减绩效工资。
- 若教师违反了学校明确规定且合理合法的规章制度，如无故旷工、长期迟到早退、教学事故等，影响了学校正常教学秩序或造成其他不良后果，学校也可按照既定制度扣减工资。但需注意，扣减的工资部分应明确为与违规行为直接相关的部分，如旷工期间的工资等，而非随意扣减。
程序规范：
- 扣减行为必须遵循公平、公正、公开的原则，有明确的事实依据和规范的程序。学校应事先告知教师扣减工资的具体原因、依据和金额，并允许教师进行申辩。
- 制度制定需经过民主程序，如征求教师代表意见、通过教职工大会讨论等，并向教师进行公示告知。确保教师了解并同意学校的工资扣减制度。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这表明，学校作为用人单位，有义务按时足额支付教师的工资，包括基本工资和绩效工资等。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这进一步强调了学校不得随意扣减教师工资的原则。
教师权益保护
沟通协商：
- 教师对学校扣发工资的行为存在异议时，首先应与学校进行沟通协商，要求学校说明扣发的理由并提供相关依据。通过沟通，往往可以解决很多误解和争议。
申诉与调解：
- 协商不成时，教师可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解，或向当地教育行政部门反映情况，寻求行政调解或申诉处理。这些途径可以为教师提供一个公正、客观的解决争议的平台。
仲裁与诉讼：
- 调解不成或教师不愿调解的，可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方必须履行。
- 对仲裁裁决不服的，教师还可以向人民法院提起诉讼，以法律手段维护自身合法权益。诉讼是最终的解决途径，但也需要教师付出更多的时间和精力。
特殊情况说明
- 病假情况：教师请病假时，工资的发放通常根据事业单位的规章制度确定。一般来说，病假在特定时间范围内的（如2个月以内），基本工资、级别工资等不受影响，但具体绩效工资的发放可能因学校规定而异。需参照学校具体的规章制度执行，并确保这些规定符合法律法规的要求。
总结与建议：学校扣发在编教师工资的行为受到严格限制，必须确保合法、合理且程序规范。教师在面对此类情况时，应充分了解自己的权益，并在必要时通过合法途径维护自身权益。如果教师有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。