结论：公司员工在交通事故中承担次要责任且被认定为工伤的情况，对公司的影响主要体现在工伤保险责任和可能的民事赔偿连带责任上，但总体影响有限。以下从不同角度详细分析：
一、工伤保险责任角度
工伤保险待遇支付：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。这意味着，员工有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助等。
- 这些待遇的支付主体是工伤保险基金，而非公司直接承担。因此，从工伤保险责任的角度看，公司的主要义务是确保员工及时申报工伤，并配合工伤保险基金的管理机构进行后续处理。
公司可能承担的补充责任：
- 如果公司未依法为员工缴纳工伤保险费，那么根据《工伤保险条例》第六十二条，公司需要承担原本应由工伤保险基金支付的工伤待遇费用。
- 此外，如果员工因工伤导致长期无法工作，公司可能需要按照法律规定支付停工留薪期工资，并在员工离职时支付一次性伤残就业补助金（如果员工构成伤残且选择离职）。
二、民事赔偿连带责任角度
交通事故中的次要责任：
- 员工在交通事故中承担次要责任，意味着主要责任在对方（如其他车辆驾驶员）。在民事赔偿方面，员工有权向对方主张赔偿，包括医疗费用、误工费、残疾赔偿金等。
- 公司作为员工的雇主，在交通事故中通常不直接承担民事赔偿责任，除非公司对事故的发生存在过错（如安排员工驾驶存在安全隐患的车辆等）。
公司可能面临的间接影响：
- 如果员工因交通事故导致伤残或死亡，且公司被认定存在过错（如未提供安全的工作环境、未进行必要的安全培训等），公司可能面临员工家属的民事索赔。
- 此外，公司可能需要投入资源处理员工工伤事故的相关事宜，包括与工伤保险基金管理机构沟通、协助员工进行工伤认定和伤残等级鉴定等。
三、实际操作建议
及时申报工伤：
- 公司应在员工发生工伤事故后及时向当地社会保险行政部门申报工伤，确保员工能够及时享受工伤保险待遇。
配合调查处理：
- 公司应积极配合社会保险行政部门和工伤保险基金管理机构的调查处理工作，提供必要的证明材料和协助。
加强安全管理：
- 公司应加强员工的安全教育和培训，提高员工的安全意识，减少工伤事故的发生。同时，公司应定期检查和维护工作设备、车辆等，确保其处于安全状态。
咨询专业律师：
- 如果公司在处理员工工伤事故过程中遇到复杂问题或法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以维护公司的合法权益。
总结：公司员工在交通事故中承担次要责任且被认定为工伤的情况，对公司的影响主要体现在工伤保险责任和可能的民事赔偿连带责任上。公司应依法履行工伤保险责任，加强安全管理，并在必要时咨询专业律师以维护自身权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。