公务员产检请假通常不会扣加班执勤费，但具体是否扣除需依据单位内部规章制度及当地政策来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规层面
根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期享有相应的产检假等权益，这是为了保障女职工在孕期的身体健康和胎儿的正常发育。这些规定主要强调了女职工在孕期的特殊保护，但并未直接涉及产检请假是否扣除加班执勤费的问题。不过，从法律原则和精神来看，产检请假是女职工的合法权益，单位不应因此扣除其应得的报酬或福利。
二、单位规章制度层面
单位内部规定：公务员所在的单位通常会有自己的规章制度，这些制度会详细规定员工的请假、加班、薪酬等方面的内容。因此，产检请假是否扣除加班执勤费，首先需要查看单位的相关规章制度。如果规章制度中明确规定了产检请假不扣除加班执勤费，那么公务员在产检请假时就不应被扣除。
规章制度合法性：即使单位规章制度中有关于产检请假扣除加班执勤费的规定，也需要考虑该规定的合法性。如果规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么该规定是无效的，公务员有权拒绝执行。
三、实际操作层面
与单位沟通：如果公务员对单位关于产检请假的规定存在疑问或不满，建议首先与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解规定的具体内容和背景，以及是否有协商的空间。
保留证据：如果公务员认为单位的规定不合理或违法，建议保留相关证据，如规章制度文本、请假记录、工资条等，以便在需要时维护自己的合法权益。
寻求法律援助：如果与单位沟通无果，公务员可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况考虑
如果公务员的加班执勤费是与其实际加班时间紧密相关的，且产检请假确实占用了其原本应加班的时间，那么单位可能会根据实际情况进行一定的调整。但这种调整应当合理、合法，并且应当事先与公务员进行充分沟通。
建议：公务员在产检请假前，最好先了解单位的相关规章制度和当地政策，以便在请假时能够明确自己的权益和义务。如果遇到问题或疑问，及时与单位沟通或寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。