违法行为人在车库中的公交车上拉屎，可能涉及多个层面的处理，具体如下：
治安管理处罚层面：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于在公共场所故意裸露身体、进行有伤风化行为或者故意损毁公私财物的，可以给予相应的治安管理处罚。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“在公交车上拉屎”这一具体行为，但根据该行为的性质和后果，可以合理推断其属于扰乱公共秩序或故意损毁公私财物的范畴，因此可能面临警告、罚款或拘留等处罚。
民事责任层面：
- 违法行为人的行为可能导致公交车内部环境的污染和损坏，给公交公司或车主造成经济损失。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵权人应当承担赔偿责任，包括修复费用、清洁费用以及因停运造成的损失等。公交公司或车主有权要求违法行为人进行赔偿。
公交公司或车主的应对措施：
- 公交公司或车主在发现此类行为后，应立即报警并保留相关证据，如现场照片、视频监控等，以便后续处理。同时，他们也可以要求违法行为人立即停止侵害行为，并清理现场。如果违法行为人拒不配合，公交公司或车主可以采取必要的措施进行制止，并寻求法律援助。
特殊情况考虑：
- 如果违法行为人因特殊原因（如突发疾病、精神异常等）无法控制自己的行为，且事后能够证明其无主观故意，那么在处理时可能会考虑减轻或免除其责任。但这需要依据具体情况和相关证据进行判断。
建议：对于此类行为，公交公司或车主应首先确保现场安全，避免事态扩大；同时及时报警并保留证据，以便后续通过法律途径维护自身权益。如果违法行为人拒不承担责任或赔偿损失，公交公司或车主可以向法院提起诉讼，要求违法行为人承担相应的法律责任。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。