员工在申请领取失业金的过程中，如果与用人单位存在劳动争议，是可以申请劳动仲裁的，两者权利并不冲突。以下从不同角度为你详细分析：
领取失业金与申请劳动仲裁的独立性
失业金性质与目的：失业金是一种社会保障待遇，旨在保障失业人员在失业期间的基本生活需求。其发放基于失业保险基金的支付能力，并需满足一定的条件，如失业前用人单位和本人已缴纳失业保险费满一年、非因本人意愿中断就业等。领取失业金是劳动者依法享有的一项权利，与劳动者通过法律途径维护自身权益并无直接关联或冲突。
仲裁权利基础：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动者在与用人单位发生劳动争议后，有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这是劳动者维护自身合法劳动权益的法定途径，不受其他因素（包括是否领取失业金）的影响。
领取失业金与劳动仲裁的互不影响
独立的法律程序：领取失业金和申请劳动仲裁是两个独立的法律程序。前者是基于失业事实和符合法定条件的权利，后者则是为了解决劳动争议而设立的法律机制。两者在法律上互不干扰，各自独立运行。
仲裁结果对失业金领取的可能影响：虽然领取失业金与申请劳动仲裁本身互不影响，但仲裁结果可能间接影响失业金的领取资格。例如，如果仲裁结果表明劳动者是因自身过错导致失业（如严重违反用人单位规章制度被解除劳动合同），那么劳动者可能不再符合“非因本人意愿中断就业”的失业金领取条件。在这种情况下，相关部门可能会要求退还已领取的失业金。但这并不影响劳动者在符合法定条件下申请劳动仲裁的权利。
实际操作中的建议
明确争议焦点：在申请劳动仲裁前，劳动者应明确与用人单位之间的争议焦点，如工资支付、加班费、解除劳动合同等，并收集相关证据以支持自己的主张。
了解仲裁流程：劳动者应了解劳动仲裁的流程和时间节点，包括申请仲裁的时效、仲裁庭的组成、仲裁裁决的作出等，以确保在规定时效内提出申请，并积极参与仲裁过程。
关注仲裁结果对失业金的影响：虽然领取失业金与申请劳动仲裁互不影响，但劳动者在申请仲裁时应考虑仲裁结果可能对失业金领取资格产生的影响。如果仲裁结果可能影响失业金的领取，劳动者应提前做好相应的准备，如咨询当地社保经办机构了解相关政策。
特殊情况下的处理
如果劳动者与用人单位之间的争议涉及失业保险金的缴纳或发放问题，如用人单位未按规定为劳动者缴纳失业保险费，导致劳动者无法享受失业保险待遇，劳动者也有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求用人单位赔偿因此造成的损失。这一情形符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，即因社会保险（包括失业保险）发生的争议属于劳动争议，适用该法进行处理。
总结来说，员工在申请领取失业金的过程中，如果与用人单位存在劳动争议，是可以申请劳动仲裁的。两者权利并不冲突，但劳动者在申请仲裁时应考虑仲裁结果可能对失业金领取资格产生的影响，并据此做出合理的决策。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。