针对您提出的“借款超三年起诉怎么申请失效”这一问题，首先需要明确的是，借款纠纷的诉讼时效并非可以“申请失效”，而是受法律规定的时效期限限制。以下是对这一问题的详细解答：
一、诉讼时效的基本规定
一般时效期限：
- 根据法律规定，借款纠纷的诉讼时效通常为三年。这一时效从约定的还款期限届满之日的次日起计算。
- 如果借条上没有明确约定还款期限，债权人可以随时要求债务人还款，但应给予对方必要的准备时间。从债权人提出还款要求并给予合理准备期限届满之日起，开始计算三年的诉讼时效。
最长保护期限：
- 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院将不予保护。这意味着，无论何种情况，债权人的权利在最长二十年内必须得到主张，否则将失去法律的保护。但在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长这一期限。
二、诉讼时效的中止与中断
诉讼时效中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因特定障碍（如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等）导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。
- 自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
诉讼时效中断：
- 诉讼时效可因以下情形而中断，并重新计算：
- 权利人向义务人提出履行请求；
- 义务人同意履行义务；
- 权利人提起诉讼或申请仲裁；
- 与提起诉讼或申请仲裁具有同等效力的其他情形。
三、关于“申请失效”的误解
- 诉讼时效不能“申请失效”：诉讼时效是法律规定的权利行使期限，不是可以通过申请来使其失效的。一旦超过诉讼时效，债权人将失去通过法律途径强制债务人还款的权利，但债务人自愿履行的除外。
- 如何应对超过诉讼时效的情况：
- 如果借款已经超过三年诉讼时效，债权人可以尝试与债务人协商，看债务人是否愿意自愿履行还款义务。
- 如果债务人不同意履行，债权人可以考虑通过其他非法律途径（如调解、仲裁等，但需注意这些途径也可能受时效限制）来尝试解决纠纷。
- 在任何情况下，债权人都应保留好相关证据，以备不时之需。
四、建议
- 及时行使权利：债权人应密切关注借款合同的还款期限，并在时效期内及时行使自己的权利。
- 保留证据：在追讨债务的过程中，债权人应妥善保留相关证据，如借条、聊天记录、转账记录等。
- 咨询专业律师：面对复杂的诉讼时效问题，债权人最好及时咨询专业律师，以获取针对性的法律建议。
综上所述，借款纠纷的诉讼时效是受法律规定的期限限制的，不能通过“申请失效”来改变。债权人应充分了解相关法律法规，及时行使自己的权利，并妥善保留相关证据。在遇到复杂问题时，应及时咨询专业律师以确保自身权益得到有效保护。