核心结论：从单位借款做工程但单据丢失，可通过及时沟通说明情况、收集替代证据、协商补签或出具证明、寻求内部调解以及必要时通过法律途径解决等方式来应对。以下是具体情况的分析与建议：

1. 及时与单位沟通说明情况
   • 一旦发现单据丢失，应第一时间主动与单位负责财务或借款事宜的相关部门及人员取得联系，诚恳地说明单据丢失的情况。让单位了解这不是故意为之，避免单位因单据缺失而产生不必要的误解或担忧，为后续解决问题营造良好的沟通氛围。
2. 收集能证明借款及工程用途的相关替代证据
   • 借款相关证据：如果有与单位领导或相关负责人关于借款事宜的聊天记录、邮件往来等，这些都可以作为借款事实存在的证据。例如，邮件中明确提及了借款的金额、用途以及还款时间等关键信息。
   • 工程用途证据：收集与工程相关的各类资料来证明借款确实用于了工程。比如工程的采购合同，如果借款是用于购买工程材料，那么采购合同上会显示材料的购买时间、金额等信息，与借款金额和用途相呼应；还有工程的施工记录，记录了工程的进度和各项费用的支出情况，也能间接证明借款的使用方向；另外，如果有工程款的支付凭证，如银行转账记录，显示从借款账户向工程相关方支付了款项，这也是有力的证据。
3. 与单位协商补签借款单据或出具相关证明
   • 补签借款单据：在双方沟通顺畅且情况允许的情况下，可以与单位协商补签一份借款单据。补签的单据内容应与原丢失单据一致，包括借款金额、借款日期、还款日期、借款用途等关键信息，并由双方签字盖章确认，使其具有法律效力。
   • 出具证明：如果无法补签单据，可以请求单位出具一份书面证明，说明借款的具体情况，如借款事实、金额、用途等。证明上应加盖单位公章，并由相关负责人签字，以确保其真实性和有效性。
4. 寻求单位内部调解
   • 如果与直接负责的部门或人员沟通后问题仍未得到解决，可以考虑向单位内部的调解机构或上级领导反映情况，寻求调解。在调解过程中，要如实陈述事实，提供所收集到的证据，积极配合调解工作，争取达成一个双方都能接受的解决方案。
5. 考虑法律途径（作为最后手段）
   • 如果通过以上方式都无法解决问题，且单位以此为由拒绝承认借款事实或采取其他不利措施，影响了你的合法权益，可以考虑通过法律途径解决。可以向法院提起诉讼，在诉讼过程中，将所收集的证据提交给法院，由法院根据证据和法律规定来判断借款事实是否存在以及双方的权利义务关系。不过，诉讼是一个较为复杂和耗时的过程，需要充分考虑成本和风险。

在处理此类问题时，要保持冷静和理智，积极与单位沟通协商，尽可能收集和提供相关证据，以维护自己的合法权益。如果你在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。