若公司在注销过程中持有收入退还书，需根据退还书性质及公司注销阶段采取不同处理措施，具体如下：

1. 若公司尚未完成注销登记，且收入退还书涉及未了结的债权债务
   根据《公司法》第186条，公司清算期间应清理债权债务。若收入退还书属于公司应收款项（如税务退还、合同退款等），清算组需将其纳入清算财产范围，通过书面通知债务人或公告方式主张权利。退还款项应优先用于清偿债务，剩余财产按股东出资比例分配。若退还书涉及应退还他人的款项（如多缴税款需退还股东），则需按法定程序退还，避免因未清偿债务导致股东承担连带责任。

2. 若公司已完成注销登记，但收入退还书涉及未分配财产
   根据《公司法司法解释二》第20条，公司注销后发现未清算财产的，股东可按出资比例分配。若收入退还书属于公司注销后才发现的应收款项（如税务机关后续退还的税款），股东可协商分配或通过诉讼解决。但需注意：若公司注销时存在虚假清算（如未通知债权人、隐匿财产），债权人可依据《公司法》第204条要求股东承担赔偿责任。

3. 若收入退还书涉及税务退还，需区分不同税种处理

   • 增值税留抵退税：若公司注销前存在未抵扣的增值税进项税额，可向税务机关申请退还。根据《增值税暂行条例》第25条，退还款项应计入公司清算财产。
     
   • 企业所得税汇算清缴退税：若公司注销后税务机关发现多缴税款，退还款项应按股东出资比例分配，但需确保公司注销程序合法（如已完成清算公告、债务清偿等）。
     
   • 个人所得税代扣代缴退税：若公司作为扣缴义务人多缴税款，退还款项应返还给实际纳税人（如员工），而非股东。

操作建议：

• 清算阶段：将收入退还书纳入清算报告，明确款项性质及分配方案，留存书面凭证（如银行转账记录、股东会决议）。
  
• 注销后：若发现未分配财产，建议股东签订书面分配协议，必要时通过公证增强效力；若涉及债权人主张，及时协商或通过诉讼解决。
  
• 税务处理：主动与税务机关沟通，提供公司注销证明、清算报告等材料，确保退还款项合法合规处理。
  

如有具体场景（如退还书金额、公司注销阶段、债权债务情况等），可进一步提供信息以便针对性分析。