公司之所以怕员工在职时仲裁，主要基于以下几个方面的考量：
经济损失的显著增加：
- 直接赔偿支出：一旦劳动仲裁判定公司存在违法行为，如违法解除劳动合同、未足额支付工资或未依法缴纳社保等，公司将面临支付赔偿金、补偿金或补缴社保费用的直接经济支出。这些费用往往数额不小，对公司财务构成直接压力。
- 预算与成本控制被打乱：劳动仲裁的不确定性使得公司难以预估潜在的经济损失，这可能导致公司财务预算和成本控制计划的被打乱，进而影响公司的正常经营和资金流转。例如，公司可能需要临时调整预算，以应对突如其来的赔偿支出。
企业声誉的受损：
- 内部影响：劳动仲裁案件在公司内部传播，可能引发员工对公司的不信任和归属感下降，导致工作积极性降低或离职潮的出现。员工是公司的重要资产，他们的稳定性和忠诚度对公司的发展至关重要。
- 外部形象损害：劳动仲裁案件的公开，特别是裁判文书的网上公示，可能损害公司在合作伙伴、客户及公众心中的形象。这可能导致商业合作的受阻和市场拓展的困难，进而影响公司的业务发展和盈利能力。
管理精力的分散与团队稳定性的挑战：
- 精力分散：处理劳动仲裁需要公司投入大量时间和精力，从准备证据到参加庭审，再到应对后续事宜，都会分散管理者的注意力。这可能导致公司业务运营和决策效率的下降，影响公司的整体发展。
- 团队稳定性受影响：仲裁案件可能引发其他员工的不安和担忧，影响团队的稳定性和工作效率。频繁涉入劳动仲裁还可能降低员工士气，导致团队凝聚力的下降。
法律风险与强制执行的潜在威胁：
- 法律风险：公司在劳动仲裁中被认定存在违法行为时，可能面临劳动保障行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。严重时，甚至可能导致营业执照被吊销，对公司的生存和发展构成严重威胁。
- 强制执行：劳动仲裁裁决具有强制执行力。若公司不履行义务，员工可申请强制执行，公司的财产可能会被查封、扣押或拍卖。此外，公司还需支付迟延履行期间的债务利息和迟延履行金，进一步增加经济负担。
针对公司怕员工在职时仲裁的情况，我给出以下建议：
- 遵守劳动法律法规：公司应严格遵守劳动法律法规，确保在劳动合同签订、工资支付、工作时间、社保缴纳等方面的合法合规。这是减少劳动仲裁风险的基础和前提。
- 建立健全的劳动关系管理制度：公司应建立健全的劳动关系管理制度，明确各项规章制度和操作流程。这有助于规范用工行为，减少劳动纠纷的发生。
- 加强员工培训与法律意识提升：公司应加强员工培训，提高员工的法律意识和维权能力。同时，公司也应加强对管理层的培训，提高他们的法律素养和应对劳动纠纷的能力。
- 建立有效的沟通机制：公司应建立有效的沟通机制，及时解决员工诉求和问题。通过加强与员工的沟通和交流，可以增进彼此的理解和信任，减少劳动纠纷的发生。
- 积极应对劳动仲裁：若公司面临劳动仲裁，应积极应对并妥善处理。公司应仔细研读仲裁申请书副本，明确劳动者的诉求和事实与理由。同时，公司应全面收集支持自身观点的证据，并按时提交给仲裁机构。在仲裁过程中，公司应积极参与庭审并清晰陈述事实，进行有理有据的答辩。
总之，公司怕员工在职时仲裁是出于对经济损失、声誉受损、管理精力分散以及法律风险与强制执行等多方面的考量。为了减少这些风险，公司应遵守劳动法律法规、建立健全的劳动关系管理制度、加强员工培训与法律意识提升、建立有效的沟通机制并积极应对劳动仲裁。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。