村委会是否有权在宅基地被占有的协议书上盖章，需分情况讨论，具体如下：

1. 若协议书内容合法且涉及村委会职责范围，村委会可以盖章
   根据《村民委员会组织法》第二条，村委会是基层群众性自治组织，负责办理本村公共事务和公益事业。若宅基地被占有引发的协议涉及村委会协调、见证或管理职责（例如：确认争议事实、监督协议履行、协助土地权属登记等），且协议内容不违反法律强制性规定（如不侵犯集体土地所有权、不违反宅基地分配政策等），村委会作为第三方中立机构盖章具有合法性，其盖章行为可视为对协议内容的确认或见证。

2. 若协议书内容违法或超出村委会权限，村委会无权盖章
   若协议内容存在以下情形，村委会盖章可能无效甚至涉嫌违法：

   • 违反宅基地管理法规：例如协议约定将宅基地非法转让给非本集体经济组织成员，或未经审批擅自扩大宅基地面积；
     
   • 侵犯集体权益：如协议未经村民会议或村民代表会议同意，擅自处置集体土地；
     
   • 超越村委会职权：村委会无权直接决定宅基地权属争议，此类争议应通过乡镇政府或法院处理，村委会盖章可能被认定为越权行为。
     根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效，此类协议即使盖章也不受法律保护。

3. 村委会盖章的法律效力需结合协议内容综合判断
   村委会盖章仅代表其对协议的“形式认可”，不直接等同于协议合法有效。若协议本身存在瑕疵（如主体不适格、内容违法），盖章行为无法赋予其法律效力。例如，若宅基地被非法侵占，正确的解决途径是通过行政投诉（向乡镇政府反映）或民事诉讼（起诉侵权人），而非仅依赖村委会盖章的协议。

建议：
若您遇到宅基地被占有问题，可按以下步骤处理：

1. 收集证据（如宅基地使用权证、现场照片、证人证言等）；
   
2. 联系村委会协调，要求其出具书面调解意见（而非直接在协议上盖章）；
   
3. 若协调无果，向乡镇政府土地管理部门投诉或直接向法院起诉；
   
4. 涉及协议签订时，务必咨询律师审查协议内容，避免因程序瑕疵导致权益受损。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。