农村客运跨县违规运营的最高处罚金额需根据具体违法行为确定，不同情形下处罚标准差异较大，最高可达10万元。以下是具体分析：

1. 未取得道路客运经营许可擅自跨县运营
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事道路客运经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。这是农村客运跨县违规运营中最常见的处罚情形，若违法所得较低或无违法所得，最高可能面临10万元罚款。

2. 超越许可事项从事跨县客运经营
   若客运经营者已取得道路运输经营许可，但超越许可事项（如未经批准擅自跨县运营），根据《道路旅客运输及客运站管理规定》第九十九条，由交通运输主管部门责令改正，处1000元以上5000元以下的罚款；情节严重的，原许可机关可以吊销相应许可。此情形下罚款上限为5000元，但若因违规运营引发严重后果（如重大安全事故），可能面临吊销许可等更严厉处罚。

3. 其他关联违法行为

   • 车辆未按规定检测或技术等级不达标：若跨县运营的客运车辆未按规定进行年度审验或技术等级不符合要求，根据《道路旅客运输及客运站管理规定》第九十七条，可处1000元以上5000元以下罚款。
     
   • 驾驶员未取得从业资格：若驾驶员未取得相应从业资格证，根据《道路运输从业人员管理规定》第四十五条，可处200元以上2000元以下罚款。
     
   • 违规停靠或上下客：若在非指定站点违规停靠或上下客，根据《道路旅客运输及客运站管理规定》第一百条，可处1000元以上3000元以下罚款。

建议：农村客运经营者需严格遵守《道路运输条例》《道路旅客运输及客运站管理规定》等法规，确保经营许可、车辆技术、驾驶员资质等均符合要求。若因违规面临处罚，可结合具体违法情形（如是否首次违规、是否造成危害后果等）与执法部门沟通，争取从轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。