结论：民营企业违法占地，只处罚个人不处罚企业一般是不合法的。具体分析如下：

一、法律责任主体

在违法占地的情况下，法律责任主体通常包括直接实施违法行为的人员以及对该违法行为负有管理责任的企业。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，企业作为土地的使用者或管理者，如果其违法行为导致了土地资源的破坏或非法占用，企业应当承担相应的法律责任。

二、处罚原则

1. 责任自负原则：法律责任应当由违法行为人自行承担。在违法占地的情况下，如果企业是违法行为的实施者或管理者，那么企业应当受到处罚，而不能仅处罚个人。
2. 全面处罚原则：对于违法行为，法律应当进行全面的处罚，包括对企业和个人的处罚。如果仅处罚个人而忽略企业，那么这种处罚是不全面的，也不符合法律的精神。

三、具体法律后果

1. 对企业：如果企业违法占地，根据违法情节的严重程度，可能会面临罚款、没收违法所得、责令退还非法占用的土地、限期拆除或者没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等处罚。
2. 对个人：如果个人作为企业的法定代表人、直接负责的主管人员或其他直接责任人员，参与了违法占地行为，那么个人也应当受到相应的处罚，如罚款、行政拘留等。同时，如果个人的违法行为构成犯罪，还应当依法追究刑事责任。

四、特殊情况

虽然一般情况下企业违法占地应当同时处罚企业和个人，但也存在一些特殊情况。例如，如果个人未经企业授权或同意，擅自以企业名义违法占地，那么在这种情况下，企业可能因未参与违法行为而免于处罚，但个人仍需承担法律责任。然而，这种情况需要充分的证据来证明企业的无过错和个人的独立行为。

五、建议

1. 企业应加强内部管理：企业应建立健全的土地使用管理制度，加强对员工的法律培训，确保企业土地使用的合法性和合规性。
2. 及时咨询专业律师：如果企业面临违法占地的指控或处罚，应及时咨询专业律师，了解自身的法律责任和应对策略，以维护企业的合法权益。

总结来说，民营企业违法占地时，只处罚个人而不处罚企业一般是不合法的。企业作为土地的使用者或管理者，应当对其违法行为承担相应的法律责任。如果企业面临相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。