自然人独资的公司是有股东的，且股东仅为一个自然人，即该公司的投资设立者本人。以下是对这一问题的详细分析：
一、自然人独资公司的定义与股东结构
自然人独资公司，也被称为个人独资企业（在《公司法》框架下，更准确的表述应为一人有限责任公司，若该一人有限责任公司由自然人投资设立），是指由一个自然人投资设立，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任（在一人有限责任公司中，股东通常承担有限责任，但若不能证明公司财产独立于个人财产，则需承担连带责任）的经营实体。从定义上可以看出，自然人独资公司存在唯一的股东，即投资设立该公司的自然人。
二、法律依据
《中华人民共和国个人独资企业法》（虽主要规范个人独资企业，但理解自然人独资概念时可作参考）：该法第二条明确规定，个人独资企业是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。这一定义虽然直接针对的是个人独资企业，但自然人独资公司（一人有限责任公司）在股东结构上与之有相似之处，即都只有一个自然人投资者。
《中华人民共和国公司法》：第五十七条规定，一人有限责任公司是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司。这一条款直接明确了自然人独资公司（一人有限责任公司）的股东结构，即只有一个自然人股东。
三、自然人独资公司与一人有限责任公司的关系及区别
关系：自然人独资公司，在《公司法》的语境下，通常指的是由自然人投资设立的一人有限责任公司。这种公司形式结合了个人独资企业的灵活性和有限责任公司的有限责任保护。
区别：虽然自然人独资公司（一人有限责任公司）与个人独资企业在股东结构上相似，但它们在法律地位、责任承担及管理要求等方面存在显著差异。一人有限责任公司具有独立的法人地位，股东承担有限责任（在特定情况下需承担连带责任）；而个人独资企业则不具备法人资格，投资人承担无限责任。
四、实际运营中的注意事项
对于自然人独资公司的投资者来说，需要注意以下几点：
明确股东身份：作为唯一的股东，投资者应明确自己的身份和权利义务，确保公司的运营符合法律法规的要求。
区分个人财产与公司财产：在一人有限责任公司中，股东应确保公司财产与个人财产的独立，以避免在特定情况下对公司债务承担连带责任。
规范公司管理：尽管一人有限责任公司的股东结构简化，但仍需按照《公司法》的相关规定进行规范管理，包括建立健全的公司治理结构和完善内部管理制度等。
总结来说，自然人独资的公司是有股东的，且股东仅为一个自然人。这种公司形式在法律上具有明确的地位和责任承担方式，投资者在设立和运营过程中应充分了解并遵守相关法律法规的要求。如果你有任何关于公司法务的问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。