针对公司长期不经营且有债务纠纷的情况，以下是分情况处理建议：

1. 若公司仍有继续经营意愿

   • 债务处理优先：需立即梳理债务清单（包括债权人、金额、期限等），区分优先级（如员工工资、税款、抵押债务等）。根据《公司法》第3条，公司作为独立法人，应以全部财产承担债务，股东原则上仅以出资额为限承担有限责任。
     
   • 协商或诉讼解决：主动与债权人协商延期还款、分期偿还或债务重组（如债转股）；若协商无果，债权人可能起诉，公司需积极应诉，避免被强制执行（如冻结账户、查封资产）。
     
   • 恢复经营可行性：若计划重启业务，需评估市场前景、资金缺口及合规风险（如未年检可能被吊销营业执照），必要时可引入新投资者或进行股权融资。

2. 若公司无继续经营意愿

   • 主动清算注销：
     
     • 自行清算：根据《公司法》第183条，股东可在15日内成立清算组，通知债权人申报债权，清偿债务后注销公司。若资产不足清偿全部债务，需向法院申请破产清算（《企业破产法》第2条）。
       
     • 简易注销：若公司无债权债务或已清偿完毕，可适用简易注销程序（需全体股东承诺无未了结事务），但若存在虚假承诺，股东可能承担连带责任。
       
   • 避免被动吊销：长期不经营且未年检，市场监管部门可能吊销营业执照，导致法定代表人被列入失信名单、限制高消费等。吊销后仍需清算，否则股东可能被追责（《公司法司法解释二》第18条）。

3. 特殊情形处理

   • 股东责任风险：若股东存在抽逃出资、未履行出资义务或滥用法人地位逃避债务（如财产混同），债权人可要求股东承担连带责任（《公司法》第20条、第28条）。
     
   • 税务合规：长期不经营可能产生欠税，税务机关可采取强制措施（如划拨存款、拍卖资产），甚至追究刑事责任（如逃税罪）。需补缴税款及滞纳金，避免刑事风险。
     
   • 员工权益：若拖欠工资或社保，员工可申请劳动仲裁或向法院起诉，公司需优先清偿（《公司法》第186条）。

行动建议：

• 立即委托律师或财务人员梳理公司资产、负债及经营状况；
  
• 根据公司实际情况选择清算、重组或继续经营，并制定具体方案；
  
• 及时与市场监管、税务部门沟通，避免行政处罚升级为刑事责任。
  

如有进一步细节（如债务金额、股东结构、资产状况等），可向我补充说明，以便提供更精准的建议。