当发现经营主体存在违法情形时，一般不能继续办理许可，但需分情况讨论：

1. 违法情形与许可事项直接相关
   若经营主体的违法行为直接涉及拟申请许可的核心内容（例如：申请食品生产许可证时存在伪造检验报告、使用非法添加剂等行为），根据《行政许可法》第三十一条、第七十八条，行政机关将直接作出不予许可决定，并可能对违法行为立案查处。此时，违法记录会成为许可的实质性障碍，需先完成整改、接受处罚并经复查合格后，方可重新申请。

2. 违法情形与许可事项无直接关联
   若违法行为属于其他领域（例如：未按时年报、税务轻微违规等），且未达到《行政许可法》第七十九条规定的“欺骗、贿赂等不正当手段取得许可”或“严重违反许可管理规定”的程度，理论上不影响许可办理。但实践中，行政机关可能依据《市场主体登记管理条例》等法规，要求经营主体先纠正违法行为、消除不良影响（如补报年报、缴纳罚款等），再继续许可流程。

3. 特殊许可类型的例外情形
   部分高风险行业（如危险化学品、金融等）的许可，可能适用“一票否决”原则。例如，《危险化学品安全管理条例》明确规定，申请单位若存在“未依法取得其他许可擅自经营”等违法行为，直接不予许可，且需在整改后重新提交全部材料并接受更严格的审查。

实务建议：

• 立即停止违法行为，主动向监管部门报告并配合调查，争取从轻或减轻处罚；
  
• 整理整改证据（如处罚决定书、整改报告、缴费凭证等），在申请许可时一并提交，证明已消除违法状态；
  
• 若许可被拒，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需以“已完全纠正违法”为前提。
  

如有具体行业或违法情形，可进一步向我说明，我会结合案例和地方性法规为您详细分析。