使用他人公司资质承接工程属于违法行为，即便签署合作协议也无法改变其违法本质，且可能面临严重的法律后果，不建议这样做。不过，我可以从法律风险、协议无效后果、合法替代方案等角度为你详细分析：
一、法律风险
资质借用本身违法
根据《建筑法》第二十六条，禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业名义承揽工程。若违反，可能面临责令改正、没收违法所得、罚款（工程合同价款2%-4%），甚至吊销资质证书的处罚。
合作协议无效
根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。因此，即使双方签署合作协议，因内容违法，协议自始无效，无法通过协议约定规避风险。
连带责任风险
若工程出现质量问题、安全事故或拖欠工资等纠纷，出借资质的公司可能需承担连带赔偿责任，甚至被追究刑事责任（如重大责任事故罪）。
二、协议无效的后果
无法主张权益
协议无效后，双方无法依据协议要求对方履行义务（如支付管理费、分成等），已履行的部分可能需返还或折价补偿。
行政处罚与信用惩戒
出借资质的公司可能被列入“黑名单”，影响后续投标、贷款等经营活动；实际施工人可能被限制承接工程。
三、合法替代方案
若需合作承接工程，建议通过以下合法方式：
成立合资公司
双方共同出资设立新公司，以新公司名义申请资质并承揽工程，合法分配股权与收益。
内部承包或分包
若出借方具备资质，可将工程合法分包给有资质的单位，或通过内部承包协议明确责任（需符合《建筑法》及分包规定）。
联合体投标
根据《招标投标法》，两个以上法人可组成联合体，以一个投标人身份共同投标，需签署联合体协议并明确分工。
四、操作建议
立即停止违法行为
若已签署类似协议，建议终止合作并清理债权债务，避免风险扩大。
咨询专业律师
若需设计合法合作模式，可提供具体需求（如工程类型、合作方资质等），我会为你起草合规协议并规避风险。
总结：借用资质承揽工程是法律红线，切勿因短期利益触碰。若需合作，务必通过合法途径操作，保障双方权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体方案。