结论：合同中约定辅材开票加在主材上是否可行，需结合合同约定、交易习惯、税务合规性及双方真实意思表示综合判断，具体分析如下：

1. 合同约定优先原则
   若合同中明确约定“辅材费用包含在主材发票中”或“辅材不单独开票，按主材价款合并计算”，且双方签字盖章确认，则该约定具有法律效力。但需注意：

   • 约定需清晰无歧义，避免使用“等”“其他”等模糊表述；
     
   • 若合同未明确约定，则需依据《民法典》第510条，通过补充协议或交易习惯确定开票方式。

2. 税务合规性要求
   根据《增值税暂行条例》及发票管理办法，发票内容应与实际交易相符：

   • 若辅材与主材属于同一税目（如均为建筑材料），合并开票可能被税务机关认可，但需在发票备注栏或合同中注明辅材明细；
     
   • 若辅材与主材税目不同（如主材为设备、辅材为安装材料），合并开票可能导致税目混淆，存在税务风险，建议分开开票。

3. 交易习惯与行业惯例
   若行业内普遍存在“辅材合并开票”的交易习惯（如装修工程中辅材费用常并入主材报价），且双方对此明知且无异议，则该习惯可作为合同履行的依据。但需保留相关证据（如行业规范、过往交易记录）以备争议时使用。

4. 风险防范建议

   • 明确合同条款：在合同中单独列明辅材名称、规格、数量及价款，并约定“辅材费用包含在主材发票中”或“辅材单独开票”；
     
   • 税务合规审查：合并开票前咨询税务机关，确保符合“真实交易”原则；
     
   • 保留证据：保存合同、送货单、验收单等凭证，证明辅材实际交付情况，避免因开票问题引发纠纷。

提示：若您已签订合同且对开票方式存疑，建议携带合同文本及交易凭证，进一步向我咨询具体风险及应对方案。