政府部门印章违规使用的处罚需根据具体违规情形、主体身份及后果严重程度综合判定，主要涉及行政处分、刑事处罚及民事赔偿责任，具体如下：

1. 行政处分（针对内部人员违规）
   若违规使用主体为政府部门工作人员（如私自加盖、超范围使用等），根据《行政机关公务员处分条例》第二十条，可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职或开除等处分。例如，工作人员未经审批擅自使用公章为他人出具虚假证明，可能被记过；若导致重大损失，可能被撤职。

2. 刑事处罚（构成犯罪的情形）

   • 伪造、变造国家机关印章罪：若违规行为涉及伪造、变造政府部门印章（如私刻公章），根据《刑法》第二百八十条，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的（如多次伪造、用于诈骗等），处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
     
   • 滥用职权罪/玩忽职守罪：若工作人员故意违规使用印章导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失（如违规批准项目造成国有资产流失），可能构成滥用职权罪或玩忽职守罪，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

3. 民事赔偿责任（造成损失时）
   若违规使用印章导致第三方权益受损（如政府违规担保导致企业损失），政府部门可能需根据《民法典》第一千一百六十五条承担侵权赔偿责任，相关责任人可能被追偿。

补充说明：

• 处罚需以“违规事实”为前提，需通过调查取证（如用印记录、审批流程、后果证明等）认定责任。
  
• 若涉及外部人员勾结，可能按共同犯罪处理（如教唆工作人员违规用印的外部人员，与工作人员同罪）。
  

建议：若发现政府部门印章违规使用，可向本级或上级纪检监察机关举报；若因此遭受损失，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。具体操作可进一步向我咨询细节。